Dans le cadre des négociations préliminaires du second volet des accords bilatéraux (voir infra), la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC) a adressé une lettre de mécontentement au Conseil fédéral. Les cantons souhaiteraient être plus activement impliqués dans les discussions bilatérales, notamment sur des dossiers qui les touchent de près, comme la fraude douanière ou l’application des accords de Schengen sur la libre circulation des personnes. Par la voix du conseiller aux Etats Peter Schönenberger (pdc, SG), la CdC a rappelé que la Constitution réserve des prérogatives précises aux cantons en matière de politique étrangère, alors que le Conseil fédéral, lors de discussions avec les représentants de l’UE, a lancé des propositions sans vérifier au préalable la position des cantons [7]. Suite à ce saut d’humeur notamment, le gouvernement a demandé à la CdC de se prononcer sur un mandat de négociations préliminaires: dans leur réponse, les cantons ont insisté sur leur «grand scepticisme» quant à l’urgence de nouvelles négociations, rappelant que le premier paquet de bilatérales n’était pas encore mis en œuvre et que le second, sur les dossiers touchants les cantons – entre autres, justice, police, fiscalité et formation –, était à la fois trop important et trop lacunaire pour que des décisions puissent être prises en l’état. 22 cantons sur 26 se sont prononcés dans ce sens [8]. Au fil des entretiens liminaires, le gouvernement a ensuite voulu rassurer les cantons sur le maintien de leurs compétences en cas d’une adhésion au régime de Schengen: selon la Confédération, la répartition des tâches entre elle et les cantons ne sera pas modifiée, ni par Berne, ni par Bruxelles [9].