En 1998 et 1999, la CEDRA avait effectué des études du sous-sol à Benken (ZH) et avait conclu que le site était à même d’accueillir un dépôt de déchets moyennement ou hautement radioactivé. Par 99 voix contre 59, le parlement cantonal zurichois a refusé une initiative individuelle qui réclamait que le peuple décide par les urnes de la construction ou non du dépôt. En septembre, le mouvement contre un dépôt atomique à Benken ("Bedenken") et le comité d’intérêt pour l’énergie et l’habitat (IGEL) ont lancé une initiative cantonale "Atomfragen vors Volk" afin que le peuple puisse donner son avis sur la construction de la galerie de sondage, de même que l’autorisation pour la construction du dépôt et sa fermeture. L’initiative se veut aussi une garantie des droits populaires, car jusqu’à présent, un dépôt atomique pouvait être construit à Zurich sans l’accord de ses concitoyens [18].

Deux oppositions se sont faites connaître contre la concession pour la galerie de sondage du Wellenberg (NW) que le gouvernement de Nidwald avait octroyé à la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW). Les réfractaires, à savoir la station d’Engelberg et la commune de Klosterdorf, ont toutefois réussi à trouver un compromis avec le GNW et ont retiré leur plainte. La votation cantonale sur la galerie de sondage a été agendée en septembre 2002 [19].

Le dépôt intermédiaire central (ZWILAG) de Würenlingen (AG) a attaqué la deuxième étape des travaux. Une halle de dépôt pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs sera construite. Les exploitants possèderont ainsi un espace nécessaire aux différentes manipulations. Cette halle permettra aussi de pallier au dépôt définitif de stockage du Wellenberg dont le chantier n’a toujours pas commencé. L’autorisation de mise en service de la halle d’entreposage pour les déchets hautement radioactifs et les assemblages combustibles épuisés a été retardée, car les experts ont remarqué que les températures des récipients étaient plus chaudes que ce qui était prévu. Des clarifications complémentaires ont été rendues nécessaires. La DSN est arrivé à la conclusion que bien que les conteneurs étaient à 120° au lieu de 60°, ils pouvaient être directement posés sur le sol en béton. Par conséquent, plus rien ne s’est opposé à l’octroi de l’autorisation à ZWILAG pour sa halle d’entreposage de déchets hautement radioactifs. Peu après cet accord, le dépôt a pu accueillir ses premiers combustibles usés en provenance de Leibstadt (AG). Ils ont été suivis par le transfert de matériaux contaminés de la centrale désaffectée de la Broye (VD). En octobre, Würenlingen a accueilli pour la première fois les déchets nucléaires issus du retraitement à l’étranger des éléments combustibles de centrales nucléaires suisses. Le premier convoi était en provenance de la Hague (F). Celui-ci rentrait dans le cadre de contrats qui prévoyaient le retour des déchets résultant du retraitement sous forme de résidus vitrifiés dans leur pays d’origine (le recyclage des barres usées produit 3% de résidus rendus inutilisables). Initialement, il était prévu qu’à leur retour ces déchets hautement radioactifs soient entreposés définitivement dans des souterrains inaccessibles. Mais vu les oppositions et en l’absence de solution, les autorités se sont décidées à un stockage provisoire. Grâce à l’aménagement de l’entrepôt pour les déchets hautement radioactifs, la condition essentielle au rapatriement a été remplie et les envois ont pu commencer. Comme la Suisse a déjà envoyé au retraitement 1000 des 1200 tonnes prévues dans les contrats, Würenlingen servira aussi à l’entreposage de combustibles usés non retraités. Les premiers résidus vitrifiés revenus de la Hague (F) représentent le début d’une série de 26 envois, qui s’échelonneront sur de nombreuses années, au rythme d’un à deux transports par an. Greenpeace a manifesté pour dénoncer les dangers du retraitement et du transport des déchets, mais elle n’a pas cherché à l’entraver estimant normal qu’un pays reprenne ses déchets [20].