Im Februar präsentierte der Bundesrat im Rahmen der Botschaft zum „Steuerpaket 2001“ seinen Vorschlag zur Revision der Wohneigentumsbesteuerung. Er hielt sich an seine Vernehmlassungsvorlage des Vorjahres und sprach sich für den Verzicht auf die Besteuerung des Eigenmietwerts und somit für einen Systemwechsel aus. Schuldzinsen sollten nur noch während der ersten zehn Jahre nach dem Erwerb und Unterhaltskosten nur noch limitiert von den Steuern abgezogen werden können. Ausserdem wäre bis zum 45. Altersjahr eine steuerbegünstigte Bauspareinlage im Rahmen der Säule 3a zugelassen. Damit sich die Hauseigentümerinnen und -eigentümer auf den Systemwechsel vorbereiten könnten, sollte das neue System erst 2008 in Kraft treten. Um insbesondere in den Tourismuskantonen die durch die Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung bedingten Ausfälle kompensieren zu können, würde auf kantonaler Ebene eine Zweitwohnsteuer eingeführt. Diese Massnahmen würden die Hauseigentümer pro Jahr etwa um 100 Mio Fr. entlasten [16].

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession mit dem Geschäft. Entgegen ihrem im Vorjahr ausgearbeiteten Modell hielt die Mehrheit der WAK den vom Bundesrat vorgeschlagenen Systemwechsel nun nicht mehr für notwendig und beantragte lediglich Korrekturen am geltenden System. Sie wollte den Eigenmietwert generell auf 60% des Marktwerts festsetzen und ein Bausparmodell nach Baselbieter Muster einführen. Die SP-Fraktion war zwar für einen Systemwechsel, nicht aber für massive Steuererleichterungen für die Hauseigentümer; sie sprach sich zuerst für Nichteintreten aus. Knapp durchsetzen konnte sich schliesslich, dank der Unterstützung der SP und der GP, die CVP, welche den vom Bundesrat beantragten Systemwechsel unterstützte. In der Detailberatung sprach sich der Nationalrat gegen den Widerstand der Linken für höhere Abzüge aus als der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Unterhaltskosten sollten bereits ab 4000 Fr. (Bundesrat 5000 Fr.) und Schuldzinsen für Ersterwerbende im Betrag von 15 000 Fr. für Verheiratete bzw. 7500 Fr. für Alleinstehende abgezogen werden können. Bundesrat Villiger plädierte vergeblich dafür, angesichts des prekären Zustandes der Bundeskasse und im Hinblick auf die Gleichbehandlung mit den Mietern mehr Vernunft und Mass walten zu lassen. Trotzdem stimmte die grosse Kammer für die Einführung eines Bausparmodells nach basellandschaftlichem Muster. Dieses erlaubt Steuerpflichtigen unter 45 Jahren, während höchstens 10 Jahren bis zu 12 000 Fr. (Verheiratete 24 000 Fr.) jährlich auf ein Bausparkonto zu überweisen und von der Steuer abzuziehen. Nur bezüglich der Übergangsfrist folgte der Rat dem Bundesrat. In der Gesamtabstimmung hiess er die Vorlage mit 75:60 Stimmen bei 18 Enthaltungen gut; die SP und die Grünen hatten geschlossen dagegen gestimmt. Im Anschluss daran schrieb der Nationalrat die parlamentarischen Initiativen Gysin (fdp, BL) von 1998 zum Bausparen, Hegetschweiler (fdp, ZH) zur Besteuerung des Eigenmietwerts und die der CVP-Fraktion zur Wohneigentumsförderung ab. Nachdem bereits die kleine Kammer die Standesinitiative des Kantons Aargau für eine tiefere Bewertung des selbstgenutzten Wohneigentums abgelehnt hatte, schloss sich ihr der Nationalrat an [17].

Durch die Anpassungen des Nationalrats steigen die Ausfälle gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag (90 Mio Fr.) auf 280 Mio Fr. an. Dazu kommen noch rund 50 Mio Fr. für das Bausparmodell. Bezüglich der Auswirkungen auf die Kantone nannte der Bundesrat als Antwort auf die Interpellation von Nationalrat Zanetti (sp, SO) zusätzliche Mindereinnahmen bei ihrem Anteil an der direkten Bundessteuer von 65 Mio Fr. (der Vorschlag des Bundesrates sah einen Ausfall von 35 Mio. Fr. vor). Dazu kommen noch nicht bezifferbare, aber erhebliche Mindererträge bei den Staats- und Gemeindesteuern [18]. In ihren ersten Beschlüssen korrigierte die WAK des Ständerats die Entscheide des Nationalrats wieder nach unten und sah geringere Einnahmeausfälle vor [19].