Im April fällten erstmals Vertreter von Bund und Kantonen in der Schweizerischen Universitätskonferenz (SUK) gemeinsam verbindliche Finanzentscheide. Bewilligt wurden 38 Mio Fr. für acht Kooperations- und Innovationsprojekte in den Jahren 2001 bis 2003, 14,5 Mio Fr. für drei Vorhaben aller Universitäten, 10 Mio Fr. für eine zweite Tranche des „Virtuellen Campus“ sowie eine Million für Frauenförderung – insbesondere zur Erhöhung des Frauenanteils im Lehrkörper sowie zur Stärkung von Mentoring- und Kinderbetreuungsstrukturen. Die SUK unterstützte damit zeitlich befristet Vorhaben von jeweils mindestens zwei Universitäten oder einer Universität und einer FHS mit der Auflage, dass diese Vorhaben lokal verankert sind, zur Hälfte von den Hochschulen mitfinanziert werden, Strukturen schaffen und Vorbildcharakter haben [52].

Am 10. Juni sagte die Waadtländer Stimmbevölkerung Ja zu einem Transfer der „Ecole romande de Pharmacie“ nach Genf zugunsten des „projet triangulaire“ – der Hochschulkoordination im „Arc lémanique“. Die Stimmergebnisse für den jährlichen Beitrag von 4,6 Mio Fr. an die in Genf konzentrierte Westschweizer Pharmazie-Schule sowie für eine Gesetzesänderung, mit welcher der Verzicht auf eine Apothekerschule in Lausanne beschlossen wurde, fielen relativ knapp aus. Dem Transfer war unter anderem seitens der Waadtländer Apothekerinnen und Apotheker sowie von Seiten der Studentenschaft etliche Skepsis entgegengebracht worden [53]. Im Oktober kam es mit der Angliederung der Sektion Chemie der Universität Lausanne an die ETH Lausanne (ETHL) zum Vollzug der ersten von vier Etappen des Kooperationsprojektes der beiden Hochschulen. In der Frage nach der zukünftigen Struktur der so ausgedünnten Universität beging das Rektorat einen Tabubruch, indem es in einem Bericht an den Waadtländer Staatsrat die Fusion mit der benachbarten ETHL vorschlug und gezielt die bisherige Abhängigkeit der Universität vom Kanton bzw. ganz allgemein die Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen kritisierte. Die gemeinsame Verwaltung der beiden Hochschulen dank einer gemeinsamen Trägerschaft von Bund und Kanton würde eine bessere Zusammenarbeit erlauben und so das Standhalten gegenüber dem internationalen Wettbewerb ermöglichen. Im November stimmte der ETH-Rat einer im Rahmen des „projet triangulaire“ geplanten Strukturänderung der ETHL zu, wonach diese auf Januar 2002 in eine eigentliche Technische Universität umgewandelt werden soll. Die zwölf bestehenden Departemente der ETHL werden in fünf Fakultäten mit einer klaren Schwerpunktsetzung auf den Lebenswissenschaften zusammengefasst [54].

In einer gemeinsamen Vereinbarung bestärkten die Universität Zürich und die ETHZ ihrerseits die Tradition ihrer Zusammenarbeit und gaben dem Willen Ausdruck, gegenseitige Durchlässigkeit und Absprachen zu verbessern sowie gemeinsame Projekte und Einrichtungen zu vermehren. Ein neues Zentrum für Genomik, ein Lehrerbildungsinstitut mit Beteiligung der Pädagogischen Hochschule sowie ein Sprachzentrum wurden dabei als Beispiele angeführt [55].

Der Bund entsprach einem Beitragsgesuch der Universitäten Bern, Neuenburg und Freiburg und unterstützte das seit 1993 bestehende Universitätsnetzwerk BeNeFri mit neun Mio Fr. Damit sollen sechs Projekte, die ein gemeinsames Lehrangebot zwischen den drei Universitäten schaffen, während vier Jahren unterstützt werden. Der grösste Teil des Geldes fliesst an juristische Einrichtungen, indem drei Institute in den Bereichen Wirtschaftsrecht (Bern), Europarecht (Freiburg) und Gesundheitsrecht (Neuenburg) gegründet werden sollen. Im weiteren wird die Konzentration der Teilbereiche Romanische Sprachen und Literaturen an einem der drei Standorte sowie die Zusammenarbeit in der Slavistik angestrebt [56].