Bundesrätin Metzler eröffnete zwei Monate vor der Volksabstimmung vom 10. Juni mit viel persönlichem Engagement die Abstimmungskampagne zur Aufhebung des Bistumsartikels in der Bundesverfassung, die National- und Ständerat im Vorjahr beschlossen hatten. Sie führte aus, kein Staat kenne eine Bewilligungspflicht für Bistümer. Eine solche Einschränkung des Rechts einer Glaubensgemeinschaft auf Selbstorganisation und damit der Religionsfreiheit sei nicht gerechtfertigt, namentlich auch nicht durch das Interesse der öffentlichen Sicherheit – ganz abgesehen davon, dass die staatliche Kompetenz, Massnahmen zur Wahrung des religiösen Friedens zu treffen, ohnehin in der Verfassung bleiben wird. Die Streichung der Ausnahmeregelung sei auch von der Europäischen Menschenrechtskonvention und vom internationalen Menschenrechtspakt II her geboten. Mit Ausnahme der EDU und der PdA, welche die Nein-Parole ausgaben, sowie der SD, die Stimmfreigabe beschlossen, folgten alle politischen Parteien dieser Argumentation.

Weit weniger geeint zeigten sich die kirchlichen Organisationen. Während die Bischofskonferenz erwartungsgemäss für eine Streichung der Bestimmung eintrat, taten sich mehrere katholische Laienorganisationen schwer damit, da sie im Bistumsartikel eine Art Pfand für eine Mitsprache der Kirchenbasis bei Bischofsernennungen sahen; gegen eine Streichung sprach sich schliesslich aber nur der Schweizerische Katholische Frauenbund aus. Die reformierte Landeskirche verzichtete nach längerem Hin und Her auf eine Abstimmungsempfehlung. Obgleich sie die Information des Bundesrates als einseitig empfand – insbesondere bestritt sie, der Bistumsartikel sei diskriminierend und menschenrechtswidrig – wollte sie nicht Öl ins Feuer der konfessionellen Diskussionen giessen; sie plädierte aber erneut für die Schaffung eines Verfassungsartikels, in dem die Beziehungen zwischen dem Bund und den Religionsgemeinschaften zeitgemäss geregelt würden. Gegen die Streichung wehrten sich hingegen evangelikale Splittergruppen [42].

In der Volksabstimmung hiessen Volk und Stände mit knapp zwei Drittel Ja-Stimmen die Streichung des Bistumsartikels gut. Am deutlichsten stimmten grossmehrheitlich katholische Kantone zu (Freiburg, Tessin, Solothurn und Wallis), am knappsten war das Resultat in Genf und Glarus sowie in den protestantisch-dominierten Kantonen Schaffhausen und Bern [43].

Gemäss der Vox-Analyse waren für das deutliche Resultat in erster Linie römisch-katholische und CVP-nahe Bevölkerungsteile ausschlaggebend, während die Protestanten nur knapp zustimmten. Die Befürworter machten für ihren Entscheid weniger das Grundrecht der Religionsfreiheit als vielmehr die gesellschaftliche Entwicklung geltend, die konfessionelle Ausnahmeartikel nicht mehr rechtfertige. Demgegenüber befürchteten die Gegner vor allem eine Stärkung der Macht der katholischen Kirche, insbesondere des Vatikans [44].