Lors de sa conférence de presse, la Délégation parlementaire de surveillance des Nouvelles lignes ferroviaires alpines (NLFA) a indiqué que le budget total de 14,7 milliards de francs, décidé en 1998, sera probablement dépassé. Quant aux réserves de 1,95 milliard, constituées pour faire face aux imprévus, la quasi-intégralité avait déjà été affectée. Les travaux au Monte Ceneri (1,07 milliard) et au Lötschberg (480 millions) en étaient les principaux fautifs. Seuls 160 millions de francs de réserves étaient encore disponibles. A cela s'y ajoutaient d'autres frais additionnels de l'ordre de 230 millions. Afin que les travaux ne se retrouvent pas subitement bloqués, faute de moyens financiers, et que le parlement ne soit pas amené à voter un crédit additionnel le couteau sous la gorge, la Délégation parlementaire a souhaité que le Conseil fédéral évalue le montant du crédit supplémentaire nécessaire. Répondant à la Délégation, le Département des transports a fait savoir que tant que les coûts du chantier ferroviaire resteront dans la fourchette prévue, des crédits supplémentaires ne seront pas discutés. L'état financier du projet sera présenté au parlement en été 2003, lorsque ce dernier se prononcera sur la deuxième phase de réalisation des NLFA. La Délégation parlementaire s'est déclarée satisfaite de l'état d'avancement des travaux qui, pour l'heure, tiennent le calendrier prévu (Lötschberg en 2007 et Gothard en 2014). Des inquiétudes demeuraient toutefois quant au raccordement des NLFA avec l'Italie. Cette dernière n'avait pas encore pris d'option définitive pour le raccordement à partir de Milan [27].

Afin que les travaux préliminaires nécessaires à la mise en service du Lötschberg puissent se poursuivre sans heurts, le Conseil fédéral a décidé de financer ces prestations par les réserves du crédit global NLFA. D’ici à l’ouverture du tunnel en 2007, il devrait s’agir de 120 millions de francs. Il a également chargé la SA BLS Chemin de fer du Lötschberg d’exploiter la ligne de base jusqu’en 2010, cela sur la base de la concession valable jusqu’à cette date et compte tenu des autres conventions déjà en vigueur. Le DETEC se prononcera dans une procédure ordinaire sur l’octroi de la concession d’infrastructure après 2010 [28].

A la lumière de la faisabilité d’un tracé entièrement souterrain dans le canton d’Uri, diverses variantes de la future NLFA ont été développées. Moritz Leuenberger et les représentants du gouvernement uranais se sont ensuite rencontrés, afin de plancher sur les avantages et les inconvénients techniques des différentes variantes, sur leurs conséquences financières et sur les effets sur la planification de la construction. Tenant compte des réclamations uranaises et de la nécessité de réduire les nuisances sonores et environnementales, le Conseil fédéral a décidé d’enterrer complètement la NLFA. La variante "montagne" – entièrement souterraine – remplaçait ainsi le projet initial à ciel ouvert dans la plaine de la Reuss au nord d’Altdorf (variante "plaine"). Ce nouveau tracé impliquait des modifications du projet dans la future bifurcation souterraine Uri Sud, ainsi que des investissements préalables de 100 millions de francs pour pouvoir continuer plus tard le tracés souterrain sans interruption de l’exploitation. Les travaux de construction du tunnel de base du Gothard ne seraient toutefois pas retardés par ces adaptations. Le Conseil fédéral a en outre renoncé à faire passer la jonction entre la ligne existante et le tunnel de base sous la rivière Schaechen. Avec la mise en service du nouveau tracé, les investissements supplémentaires de 250 millions ne se justifiaient plus. La solution "montagne" se montera à 2,2 milliards de francs, soit un milliard de plus que dans la planification. Ce prolongement de la ligne de base sous le Gothard entraînera la construction de 23 kilomètres de tunnel supplémentaires entre Brunnen (SZ) et Erstfeld (UR). S’ajoutant aux 57 kilomètres prévus de Erstfeld à Bodio (TI), la transversale alpine atteindra la longueur record de 80 kilomètres sous terre. La sécurité des transports sera assurée par deux sorties de "secours" à Flüelen (UR) et Erstfeld. Ces aménagements à ciel ouvert ont été critiqués par le canton d’Uri. La SA AlpTransit Gothard a été chargée d’élaborer un nouveau projet de mise à l’enquête pour la liaison avec la ligne existante (Uri Sud). Le Conseil fédéral se prononcera définitivement en 2003. Mais avant, il devra présenter au parlement un crédit de planification, puis le message comportant le tracé définitif et son financement. Ce dernier tiendra compte du fait que le montant de 2,2 milliards ne peut être financé dans le cadre légal prévu par les transversales alpines. La réalisation du tracé souterrain est prévue à partir de 2020 et sous réserve d’une éventuelle votation populaire. Pour le Conseil fédéral, il ne pouvait être question d’une réalisation anticipée – le gouvernement d’Uri souhaitait le début des travaux en 2012 et a continué de le réclamer plus tard –, car cela risquerait de compromettre d’autres projets tels que les NLFA déjà décidées, la 2ème étape de Rail 2000 ou les raccordements au réseau européen ferroviaire à grande vitesse [29].

Les CFF vont investir près de 2,9 milliards de francs au cours des quinze prochaines années dans des nouvelles installations augmentant la sécurité du réseau ferré. Trois projets de modernisation ont été approuvés par le conseil d’administration. Quelque 1,7 milliard sera alloué au renouvellement des installations électroniques d’enclenchement de la sécurité, entièrement unifiées d’ici à 2008. Les CFF investiront encore 830 millions pour équiper les trains suisses du système européen de sécurité ETCS (European Train Control System) d’ici à 2017. Enfin, la création d’un réseau mobile de télécommunications a été budgétisé à 375 millions. Sur l’ensemble des investissements, une somme de 1,4 milliard est déjà attribuée dans le cadre de la convention de prestations des CFF (voir infra) [30].

La rénovation des 620 gares régionales des CFF souffrira d'un retard d'au moins trois ans. A cause du frein aux dépenses, les CFF devraient recevoir 109,5 millions de moins que prévu de la Confédération en 2003. Seule la moitié des transformations prévues pour 2003 seront entreprises [31].

Durant le courant de l’été, le BLS a demandé au DETEC de prendre en charge le percement du deuxième tube de 7,2 kilomètres entre Frutigen et Mitholz (BE). Il s’agissait uniquement de le percer, pas de l’aménager. Le BLS entendait profiter de l’offre de 90 millions qui lui avait été faite. Ce prix avantageux – 2 à 3x moins cher selon la BLS – était dû au fait que les machines se trouvaient déjà sur place. Mais cette offre exigeait du DETEC une réponse "rapide" ; les entreprises en charge du chantier prévoyaient de terminer le tunnel pour avril 2003. Outre l’argument économique et temporel, l’explosion du trafic par le Lötschberg en était un autre avancé par la BLS. Dans sa réponse, l’OFT a refusé la demande de percement du deuxième tunnel. L’Office s’est basé sur l’arrêté de 1998 (NLFA) qui ne permettait pas la réalisation de nouvel ouvrage. De plus, il mettait en doute la preuve d’utilité dans le futur de ce tunnel ; rien n’indiquait un besoin effectif [32].