La première étape du programme Rail 2000 coûtera 1,5 milliard de francs de moins que prévu. Elle aurait dû se monter à 5,9 milliards. Quelques 4,3 milliards ont été investis dans 120 projets de construction, qui déploieront pleinement leurs effets à fin 2004. Quatre gros morceaux étaient encore en chantier: l'extension des lignes d'accès et des voies ferrées autour de la gare centrale de Zurich, le tunnel Zurich-Thalwil, la troisième voie Genève-Coppet qui permettra de libérer la double voie, arrivée à saturation, et enfin le tronçon ferroviaire Mattstetten-Rothrist, prévu pour décembre 2004 [33].

L'OFT a présenté l'avant-projet de la deuxième étape du programme Rail 2000. Les CFF avaient été chargés par la Confédération de déterminer avec les cantons et les entreprises de transport concessionnaires les éléments devant être réalisés dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000. L'avant-projet prévoit de créer des capacités supplémentaires pour le trafic marchandises sur l'axe nord-sud. Sa principale nouveauté se situe dans l'objectif d'introduire la cadence semi-horaire pour le trafic voyageurs sur l'ensemble du réseau de base. L'OFT a mis auprès des cantons et de l'Union des transports publics (UTP) deux variantes en préconsultation. La première variante, baptisée "Smart Light", prévoit une cadence semi-horaire intégrale dans le réseau de base. Entre Berne et Zurich, le rythme de correspondance passera au quart d'heure. Saint Gall deviendra un nœud complet, au même titre que Zurich et, au terme de la première étape, Berne et Bâle. Le trajet entre Zurich et Bienne sera réduit à un peu plus d'une heure, avec de bonnes correspondances à la clé. La deuxième variante, nommée "Core", complète "Smart Light" en raccourcissant les trajets entre Zurich et Lausanne aussi bien par Berne que par la ligne du pied du Jura. Avec ce deuxième programme, Lausanne deviendrait un nœud ferroviaire complet aux minutes 00/30. Telle qu'elle est proposée, la deuxième étape de Rail 2000 devrait coûter entre 4,5 ou 5,5 milliards de francs selon la variante qui sera retenue. Un crédit de 5,9 milliards de francs est disponible: 4 milliards pour mettre en œuvre le projet national sur de longues distances et le solde de 1,9 milliard pour les besoins régionaux particuliers. L'OFT a justifié sa priorité au "Triangle d'or" Bâle-Berne-Zurich dans la deuxième étape de Rail 2000. Dans une optique de rentabilité, les deux variantes renforcent les transports publics là où la demande est la plus forte et où les potentialités du marché sont les meilleures. Le poids déterminant accordé aux tronçons ayant le plus grand volume de trafic sera toutefois compensé par des investissement dans les régions. Sur les 5,9 milliards, 1,9 milliard seront affectés à la réalisation et au développement de systèmes RER à Bâle, Berne, Lausanne/Genève, Lucerne, St Gall et au Tessin. Le trafic régional, bien que l'OFT concédait son importance sociale et écologique, est le grand perdant de la deuxième étape de Rail 2000. Le problème est qu'il n'est pas rentable. Ainsi, pour les régions décentrées, Rail 2000 se bornera à maintenir le niveau de desserte et à bien les intégrer dans le réseau national. Si les cantons désirent une offre supplémentaire, ils devront la financer. L'OFT voulait séparer, selon des critères fonctionnels, le réseau ferroviaire entre réseau de base et national, dont la Confédération est seule responsable, et réseau complémentaire, du ressort du canton et des "régions de transport" [34].

Se penchant sur le projet d’offre de base proposé par les CFF dans le cadre de la deuxième étape de Rail 2000, l’OFT l’a jugé trop cher. De plus, ce projet, même s’il constituait un pas dans la bonne direction, n’atteignait pas complètement les objectifs de politique des transports fixés par la Confédération. L’offre ne tenait pas assez compte de l’équilibre régional. Les CFF ont donc reçu mandat de l’office d’améliorer ce projet pour la fin de février 2003 [35].

Le Conseil des Etats et le Conseil national ont accepté sans opposition de libérer 6,025 milliards de francs dans le cadre de la convention sur les prestations avec les CFF applicable de 2003 à 2006. Plus de la moitié de l’enveloppe (3,6 milliards) sera investie pour rationaliser et augmenter l’interopérabilité – soit la compatibilité avec les réseaux étrangers – ainsi que la sécurité du réseau. Il s’agira notamment d’assurer le passage au système d’arrêt automatique des trains ETCS normalisé au niveau européen. Le plafond des dépenses comprend aussi 525 millions pour développer le réseau actuel. Ces fonds seront utilisés pour améliorer les prestations dans le trafic marchandises nord-sud (mandat de transfert) et dans les agglomérations, notamment à Bâle, Berne, Genève, Zurich et Zoug. Enfin, 1,9 milliard serviront à indemniser les coûts non couverts planifiés dans l’exploitation des lignes. La deuxième étape de Rail 2000 n’est pas incluse dans ces crédits [36].

Le Conseil fédéral a confirmé son intérêt au projet genevois de RER en acceptant d’y consacrer 40 millions de francs de la convention sur les prestations des CFF. Répondant aux attentes qu’avaient manifestés les autorités fédérales en accordant ce crédit, le Conseil d’Etat genevois a proposé de mettre sur la table l’intégralité de la contribution genevoise, soit 400 millions sur un total de 950 millions. Les 550 millions restants seront versés par la Confédération. Les sources de financement genevoises proviendront des ressources liées à la nouvelle Redevance poids lourds liées aux prestations (RPLP) et de la valorisation des parcelles à côté de la Praille et de la gare des Eaux-Vives. La majeure partie de cette somme sera destinée à la réalisation de la liaison ferroviaire Cornavin–Annemasse via la Praille. A ce propos, le raccordement ferroviaire La Praille–Les Eaux-Vives a été rebaptisé CEVA pour Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Le Grand Conseil genevois a suivi le Conseil d’Etat et a également donné un signal clair aux Chambres fédérales en votant unanimement un crédit de 400 millions de francs. Se saisissant du dossier, le Conseil fédéral a décidé d’approuver et signer le protocole d’accord du 26 avril 2002 entre les parties concernées (Confédération, Canton de Genève et CFF) [37].

Moritz Leuenberger a rencontré son homologue français, Jean-Claude Gayssot, pour examiner le volet financier de la convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferré français à grande vitesse, signée en novembre 1999. Les deux ministres sont tombés d'accord sur une participation financière égale entre les deux pays. La Confédération et la France s'engagent chacune à verser 135 millions d'euros. Cette somme sera injectée pour réhabiliter et moderniser la ligne Genève-Mâcon (ancienne ligne des Carpathes) et pour améliorer l'alimentation électrique et les infrastructures de l'arc jurassien, sur les lignes Paris-Lausanne et Paris-Neuchâtel-Berne. La mise en service de la ligne des Carpathes, baptisée ligne TGV-Mont-Blanc, est estimée à 220 millions d'euros. La Confédération devrait y participer à hauteur de 110 millions d'euros. De Genève, il ne faudra plus que trois heures pour se rendre au cœur de Paris en TGV: un gain de temps d'une demie-heure grâce à un gain de distance de 47 kilomètres par rapport à l'ancien itinéraire. Les travaux commenceront en 2004 et devraient s'achever à la mi-2006. Les 25 millions restants iront aux lignes de l'Arc jurassien qui nécessitent des travaux moins importants. Le financement helvétique provient du fonds plafonné à 1,2 milliard de francs, destiné à améliorer le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des lignes à grande vitesse. La France et la Suisse ont par ailleurs décidé d'évaluer un cofinancement au projet de TGV Rhône-Rhin, entre Dijon et Mulhouse, Paris ayant sollicité de la Suisse une participation de l'ordre de 125 millions de francs [38].

Contre l’avis du Conseil fédéral qui voulait la transformer en postulat, le Conseil des Etats a adopté par 29 voix une motion de David (pdc, SG). Celle-ci demandait de prévoir, dans la loi fédérale sur le raccordement de la Suisse orientale et romande au réseau européen des LGV, la possibilité de déroger au principe de territorialité pour les investissements dans les infrastructures ferroviaires étrangères, lorsque c’est dans l’intérêt de la Suisse. Le Conseil fédéral se voyait aussi chargé de trois tâches : 1) électrifier et doubler la ligne Schaffhouse-Singen et la ligne Schaffhouse-Waldshut, 2) développer les nœuds ferroviaires de Bregenz, Feldkirch (A) et Singen (D), 3) ouvrir des négociations avec l’Autriche et l’Allemagne afin que le tronçon Lindau-Geltendorf soit électrifié de 2005 à 2010. Le Conseil national a transmis la motion sous forme de postulat [39].

Après avoir fermé le robinet en 2002, le Conseil fédéral n’est pas revenu sur sa décision de ne plus subventionner Swissmetro. Néanmoins, afin de permettre une série de tests aérodynamiques à échelle réduite (1/10), il lui a accordé un crédit de 2 millions de francs aux conditions CTI (Commission pour la technologie et l’innovation – l’argent sera versé lorsqu’un montant équivalent aura été trouvé dans le privé). Autre changement, l’Office de la formation professionnelle et de la technologie est devenu, à la place de l’OFT, le partenaire principal de Swissmetro au sein de l’administration. Cela traduisait un changement stratégique : la Confédération continuerait de porter le projet sous l’angle technologique, mais la réalisation industrielle ne serait pas liée aux recherches, de sorte qu’elle pourrait se faire ailleurs qu’en Suisse. L’assemblée générale de Swissmetro en fin d’année a donné lieu à de grands chambardements. Malgré ces changements et les difficultés financières, les actionnaires ont décidé à l’unanimité de maintenir la société en activité [40].