La Suisse a officiellement protesté, à la fin du mois de mai, auprès des autorités israélienne après les tirs de soldats israéliens contre le véhicule de son représentant auprès de l’Autorité palestinienne. Aucune victime n’était cependant à signaler. Une enquête approfondie des événements a été demandée par l’entremise d’une note remise au ministère israélien des affaires étrangères. Cette note protestait notamment contre le non respect des convois diplomatiques. A l’occasion d’une rencontre avec son homologue, dans le courant du mois d’août, Micheline Calmy-Rey a exprimé l’insatisfaction de la Suisse concernant les explications du déroulement de l’incident du mois de mai. Elle a cité une contre-expertise balistique suisse infirmant la thèse israélienne de la balle accidentellement arrivée sur le pare-brise [34].

Les réactions des autorités israéliennes concernant le rôle de facilitateur de la Suisse dans l’aboutissement de l’Initiative des Genève sont traitées dans la partie consacrée aux bons offices (voir infra).