Pour la deuxième phase de la NLFA 1, le Conseil fédéral a adopté un arrêté fédéral assorti d’un message au parlement. Vu le programme d'assainissement des finances fédérales, seule la partie prioritaire des crédits bloqués a été libérée, soit 2,25 milliards de francs des 3,38 milliards prévus (crédit global 14,7 milliards). Il s’agit du tunnel de base du Ceneri, dont la planification est très avancée et qui est nécessaire à l’achèvement de l’axe du Gothard. Les crédits des projets moins urgents comme les tunnels de base du Zimmerberg et de l’Hirzel ont été mis en réserve. En même temps, le Conseil fédéral a proposé d’allouer un crédit additionnel de 900 millions pour renforcer les réserves. En raison d’investissements propres à augmenter la sécurité et la qualité des ouvrages, ainsi que de difficultés géologiques, les réserves initialement allouées à la NLFA ont été attribuées intégralement. La seule décision de construire au Ceneri un tunnel de base à deux voies, prise pour des raisons sécuritaires, a entraîné des coûts supplémentaires de près de 650 millions de francs. Sans crédit additionnel, les autorités fédérales craignaient que la première phase de la NLFA ne puisse pas être achevée dans les délais. Un tel retard compromettrait les chances d’atteindre l’objectif de transfert du trafic modal de la Confédération [31]. La Commission des transports et des télécommunications du Conseil des Etats (CTT-E) a demandé au Conseil fédéral un réexamen global de tous les projets FTP (Fonds pour les grands projets ferroviaires) en vue d’établir une liste des priorités et une récapitulation des frais subséquents à long terme engendrés par ces chantiers [32].

Suivant sa commission, le Conseil des Etats a débloqué, par 34 voix contre 1, le crédit additionnel de 900 millions de francs et 2,25 milliards pour la deuxième phase de la première étape des NLFA. Les Etats se sont également montrés sensibles aux nuisances que subit le canton d'Uri (voir infra); par 31 voix contre 5, les sénateurs ont refusé de fermer définitivement la porte à un tracé dans la montagne, octroyant 100 millions pour les travaux préparatoires. Cette somme ne sera libérée que si les travaux peuvent débuter d'ici le 31 mars 2005. La proposition d'une minorité emmenée par Pfisterer (prd, AG), qui aurait voulu augmenter les moyens du tronçon uranais de 250 millions, mais en les affectant exclusivement à une variante "vallée optimisée", a été repoussée [33]. Répondant à l’interpellation « Explosion des coûts des NLFA » de Mathys (udc, AG), le Conseil fédéral a déclaré que selon le dernier rapport d’étape NLFA, les frais finaux prévisionnels se monteraient à 15 milliards de francs. Ils dépasseraient donc pour la première fois de deux pour-cent le total du crédit global NLFA (14,7 milliards, état des prix en 1998) [34]. Auparavant, la délégation de surveillance des NLFA avait estimé que les coûts des ouvrages restaient sous contrôle [35].

Le projet amélioré de la NLFA dans le canton d’Uri (variante « montagne ») [36] a été mis à l’enquête en début d’année. 360 oppositions sont parvenues à l’OFT. La plupart d’entre elles demandaient à ce que le projet de mise à l’enquête soit approuvé par étapes et que les voies de dépassement de Rynächt soient redimensionnées. Afin de pouvoir mettre en exploitation le tunnel de base du Gothard (TBG) à temps, l’OFT a décidé d’échelonner la procédure d’approbation des plans. Il acceptait ainsi la demande du canton d’Uri. L’avantage de cette démarche réside dans le fait que la construction de la section sud du portail du tunnel entre Erstfeld et Ried (TBG), moins controversée, pourra démarrer en 2004 et se terminer dans les délais en 2013. Cette section sera, pour l’essentiel, réalisée telle qu’elle a été projetée. Les principales réserves émises se limitaient aux dépôts intermédiaires des débris d’excavation ainsi qu’au plan des voies projeté pour Rynächt. La section nord et notamment la traversée de la rivière Schächen suscitaient, par contre, de fortes controverses. Bon nombre des recourants étaient favorables à la variante montagne, mais ils émettaient des réserves importantes quant au début des travaux agendés par le Conseil fédéral, à savoir dès 2020. En échelonnant, l’approbation de la mise à l’enquête de la partie nord entre Ried et Altdorf pourra être repoussée au plus tard jusqu’à 2007, sans que l’ouverture du TBG ne soit mise en danger [37].

Le Conseil fédéral a augmenté de 300 millions de francs le crédit d’ouvrage destiné à l’axe du Lötschberg dans le cadre de la NLFA. Cette augmentation permet de compenser le renchérissement, la taxe sur la valeur ajoutée et les intérêts intercalaires. Le renchérissement inscrit à la fin de 2002 se montait à 217 millions. Jusqu’à la fin de 2002, il y avait lieu d’engager 37 millions pour la taxe sur la valeur ajoutée et 46 millions pour les intérêts intercalaires accumulés [38].

Pour la deuxième fois, le Conseil fédéral a puisé dans les réserves afin de financer les chantiers des NLFA. 378 millions de francs ont été libérés pour les axes du Gothard et du Lötschberg. Sur cette somme, 213 millions étaient destinés au Gothard pour des dépenses supplémentaires liées à l’échelonnement de la nouvelle NLFA. S’y ajoutaient des exigences accrues concernant l’étanchéité du tunnel et d’autres améliorations du projet. Le Lötschberg a reçu 165 millions. La plus grande partie des réserves a servi à financer l’adjudication de mandats à des prix plus élevés que ceux des devis, le reste à des optimisations de projets. Par ailleurs, le Conseil fédéral a augmenté de 52 millions le crédit de paiement 2003 pour la ligne de base du Lötschberg. Il ne s’agissait pas de couvrir une hausse des coûts de l’ouvrage, mais d’effectuer les paiements plus tôt que prévus [39] car les travaux avançaient plus rapidement [40].

Le Conseil fédéral a établi une convention avec le BLS et a libéré un crédit global de 40,97 millions de francs (partie du crédit global de la NLFA). Il servira à rénover les installations de signalisation sur la voie d’accès au tunnel de base entre Thoune et Frutigen. Cet aménagement permettra d’accroître la capacité des tronçons en augmentant la fréquence des trains et en introduisant la banalisation des voies. De plus, trois passages à niveaux seront supprimés dans les communes de Thoune et de Spiez. Ces dernières participeront aux coûts subséquents [41]. Dans un deuxième arrêté fédéral, le Conseil fédéral a approuvé la convention entre la Confédération et BLS SA sur la préparation à l’exploitation de l’axe du Lötschberg. La convention donne la mission au BLS de faire en sorte que le tunnel de base soit entièrement opérationnel lors de la mise en exploitation en mai 2007. Pour ce faire, l’entreprise va recevoir des fonds pour un montant de 109 millions sur les réserves du crédit global NLFA. Ceux-ci iront à l’achat d’une section d’extinction et de sauvetage, ainsi qu’à d’autres véhicules et appareils. Ils serviront également à financer la formation du personnel et les travaux de planification et de construction [42].

Sous le label « Rail City », les CFF vont transformer les gares de Bâle, Berne, Genève, Lausanne, Lucerne, Winterthour et Zurich en centres de service modernes. L’investissement sera de 200 millions de francs [43]. La suppression des guichets dans les gares se poursuivra. Dès 2004, 38 des 316 gares qui emploient encore du personnel seront restructurées. Aucun licenciement n’est prévu. Les CFF s’en tiennent à leur stratégie de remplacement des gares gérées par du personnel par des gares pourvues d’automates. Par ailleurs, 23 nouveaux arrêts munis d’automates seront créés, notamment sur la nouvelle ligne RER Zoug [44].

Les CFF ont commencé à équiper les tunnels d’une nouvelle infrastructure de secours. D’ici à 2005, 22 ouvrages de plus de 1000 mètres, qui sont aussi les plus fréquentés, bénéficieront de ces mesures. Le coût total s’élève à 32,7 millions de francs. Les nouveaux tunnels de cette longueur en seront automatiquement équipés. Sur 3000 kilomètres du réseau ferroviaire suisse, 7% est souterrain. La plupart des quelque 270 tunnels mesurent moins de 300 mètres. Ils sont considérés comme sûrs [45].