Le Conseil fédéral a mis en consultation la réforme des chemins de fer 2 [46]. Le premier point concerne l'introduction des conventions de prestation pour les chemins de fer privés, en remplacement du financement par objet. Ainsi, cet instrument introduit pour les CFF par la réforme des chemins de fer 1 serait aussi étendu aux autres opérateurs. La deuxième innovation clarifie, selon des critères fonctionnels, la répartition des responsabilités fédérales et cantonales pour le réseau ferroviaire [47]. Le réseau ferroviaire serait divisé, indépendamment des bailleurs de fonds, en un réseau de base (incombant uniquement à la Confédération) et en un réseau complémentaire (relevant uniquement des cantons). Le texte mis en consultation présente deux variantes: soit un petit, soit un grand réseau de base, la taille du réseau complémentaire variant en proportion. La réforme des chemins de fer 2 porte aussi sur la garantie de l'accès non discriminatoire au réseau ferroviaire, ainsi que sur l'optimisation de la réforme des chemins de fer 1, telle que la simplification de la procédure de commande dans le transport régional des voyageurs. La Confédération est disposée à désendetter les chemins de fer de la même manière qu'elle l'a fait pour les CFF dans le cadre de la réforme des chemins de fer 1. Toutefois, cela ne sera possible que si les cantons participent à l'opération et si les chemins de fer collaborent au renforcement du paysage ferroviaire. La réforme des chemins de fer 2 ne porte pas sur une nouvelle ouverture du marché ni sur la séparation juridique des transports et de l'infrastructure. Les chemins de fer resteront des entreprises intégrées [48].

Afin d'améliorer la sécurité, un autre point de la réforme des chemins de fer 2 permet aux entreprises suisses de transports de mettre sur pied leur propre police. Selon le projet, les entreprises auront la compétence de constituer une police taillée sur mesure, avec des compétences bien plus larges que ne l’ont les 140 membres de la police ferroviaire. Les nouveaux policiers seront habilités à contrôler les identités, à retenir les contrevenants ou à les expulser. Ils auront le droit de confisquer des objets jugés dangereux et de dénoncer à la justice les personnes en infraction. Ces policiers seront équipés de matraques et de spray au poivre, mais pas d’armes à feu. Le rayon d’action de ces agents ne sera pas limité aux véhicules: ils pourront aussi intervenir dans les gares, dans les abris de bus et de tram. Ceux qui n’obtempéreront pas aux ordres de la police des transports pourront se voir infliger une amende allant jusqu’à 10 000 francs. Le principe de collaboration entre la police ferroviaire et les polices cantonales et urbaines sera maintenu. Après avoir analysé les menaces pesant sur leurs réseaux, toutes les entreprises de transport devront opter pour l'un des deux services de sécurité envisagés: soit l’introduction d’une police des transports chargée uniquement de tâches sécuritaires, soit le personnel d'exploitation ou de roulement formé spécialement assurera ces tâches (double fonction) [49].

Le Conseil fédéral a mis en consultation un projet d'échelonnement des crédits prévus pour le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire européen à grande vitesse (raccordements LGV). Le projet global, qui nécessite des investissements de 1,3 milliard de francs, se fera en deux phases. Seul, le crédit d'engagement de la première phase (2004-2010), d'un montant de 590 millions, sera libéré. Il comprend les contributions de la Suisse aux projets bilatéraux « prêts à construire » en France: à savoir l’aménagement de la ligne Genève-Mâcon (Haut Bugey) et l'alimentation électrique de la ligne Vallorbe/Pontarlier – Dôle (axe Lausanne – Paris). Malgré la rigueur budgétaire, le Conseil fédéral ne voulait pas retarder la participation de la Suisse au raccordement du réseau français à grande vitesse. La Suisse financera aussi sur territoire français le projet TGV Rhin-Rhône à hauteur de 125 millions (6% des coûts). Toujours dans la première phase, le raccordement de la Suisse orientale est au programme: aménagement sur le territoire suisse entre Zurich – Munich et Saint-Gall – Stuttgart. De légers aménagements sur les nœuds de Genève et de Lausanne sont également prévus. La deuxième phase subira un retard d'au moins une dizaine d'années: réaffectation de la ligne Delle – Belfort (raccordement du Jura au futur TGV Rhin-Rhône) et raccordement avec l'aéroport de Bâle-Mulhouse. Les projets en Suisse orientale, moins avancés, seront aussi retardés, notamment Zurich – Stuttgart et Saint-Gall – Munich. Pour cette deuxième phase, le Conseil fédéral soumettra un second arrêté fédéral aux Chambres en temps utile [50].

Le projet de raccordement LGV mis en consultation par le Conseil fédéral n'a pas complètement satisfait les cantons de la Conférence des transports de Suisse occidentale (CTSO). Ils ont admis sa division en deux phases, mais pas sans critiques. La première phase nécessitait des compléments. La liaison Bienne-Belfort devait s'y inscrire, moyennant un supplément de 40 millions de francs. Autre exigence, la CTSO réclamait la pérennité d'un troisième accès au réseau TGV dans la première phase, comprenant deux branches, une vers Lausanne et une vers Neuchâtel-Berne. Ces suppléments se monteraient à 100 millions. Quant à la deuxième phase, elle était jugée trop floue et nécessitait des engagements sur le contenu et le délai de réalisation [51]. Les directeurs cantonaux des transports des cantons du Nord-Ouest (BS, BL, AG, SO et JU) ont défendu le raccordement du réseau ferré suisse au TGV Rhin-Rhône comme prioritaire. Ils ont demandé au Conseil fédéral de mettre à disposition l'intégralité des 1,35 milliard de francs voté par le peuple pour relier le réseau suisse aux trains européens à grande vitesse. Ils ont également sollicité l'amélioration de la ligne Berne-Pontarlier-Dijon, la réactivation de la ligne Boncourt-Delle-Belfort et la liaison de l'aéroport de Bâle-Mulhouse au réseau ferroviaire européen [52]. Prenant position, les sept cantons de Suisse orientale (GL, SH, SG, TG, GR, AI et AR) se sont estimés défavorisés et ont revendiqué le même traitement que la Suisse romande concernant le raccordement au réseau ferroviaire européen. Ils ont exigé 415 millions pour le raccordement avec les pays limitrophes. La priorité devait aussi être donnée aux tracés ICE Zurich-Stuttgart et Zurich-Munich, de même qu'aux lignes secondaires permettant d'y accéder, en particulier celle de Coire-Sargans-St-Margrethen. De plus, les directeurs sollicitaient 200 millions pour améliorer la liaison Zurich-Winterthour, point névralgique du trafic en direction du lac de Constance et de Munich [53].

Conséquence directe des allégements budgétaires, une première enveloppe de 40 millions de francs, que les CFF pensaient attribuer aux études dans le cadre de la convention de prestation de 2003-2006 à la ligne franco-genevoise Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse, a été biffée par les Chambres en septembre [54].