Le Conseil national avait donné suite en 1999 à l’initiative parlementaire de Baumberger (pdc, ZH) sur une répartition des frais causés par les investigations pour l’inscription dans le cadastre des sites pollués. En 2002, la CEATE-N avait présenté ses propositions pour une révision de la loi sur la protection de l’environnement. Parmi celles-ci, les cantons pourraient désormais commander d’eux-mêmes l’investigation, la surveillance et l’assainissement d’un site pollué. Les dispositions applicables à la répartition des coûts d’assainissement de sites pollués seraient étendues aux coûts d’investigation et de surveillance. La collectivité publique devrait assumer les frais de défaillance si aucun responsable ne pouvait être désigné. En 2003, le Conseil fédéral a déclaré qu’il était en partie d’accord avec ces dispositions [21].

L'expert mandaté par l'OFEFP a donné un avis de droit sur la question de la prise en charge de l'assainissement de l'ancienne décharge industrielle de Bonfol (JU). La polémique avait trait à la nouvelle législation sur l'aménagement des sites. Celle-ci indiquait que le financement devait être assuré par ceux qui ont produit les déchets, ceux qui les ont entreposés, le propriétaire du site et les autorités qui ont délivré les autorisations. L'avis de droit concluait que le détenteur du site a une responsabilité, mais que celle-ci est généralement faible. L'expert ne répondait toutefois pas à la question de savoir si la commune de Bonfol devait ou non participer [22]. Les huit entreprises chimiques bâloises (BCI-Betrieb), qui ont déposé 114 000 tonnes de déchets hautement toxiques à Bonfol entre 1961 et 1976, ont remis à l'Office des eaux et de la protection de la nature (OEPN) du canton du Jura leur projet d'assainissement de la décharge. Celui-ci prévoit, dans un premier temps, la construction d'une halle de 160 mètres sur 100 et 35 mètres haut. Elle couvrira la moitié du site. L'édifice servira à protéger les déchets de la pluie, à retenir les odeurs et retraiter l'air si les études l'estiment nécessaire. Une fois ce sas réalisé, des pelleteuses excaveront les déchets par secteurs de 625 m2. Ils seront conditionnés, hermétiquement emballés et transportés par rail vers des fours industriels idoines en Europe, car la capacité des installations d'incinération est insuffisante en Suisse. Le début des travaux est agendé en 2008 et durera quatre ans, la remise en état des lieux est prévue pour 2013. Sur la question du paiement de la facture, le BCI a proposé une table ronde, menée par un négociateur. Selon sa lecture de l'ordonnance, il estimait qu'il devait y avoir cofinancement des frais. Ceux-ci sont évalués à 280 millions de francs. L'OEPN a lancé une procédure de consultation. La commune de Bonfol, la Confédération, la Commission d'information de la décharge industrielle de Bonfol, les autorités françaises et les communes voisines pourront donner leur avis jusqu'à fin mars 2004 [23].