Die Ausgangslage für die Urner Regierungsratswahlen gestaltete sich spannend: Justizdirektor Martin Furrer (cvp) trat nach zwölf Jahren Amtszeit nicht mehr an, ebenso wenig die in den Nationalrat gewählte Finanzdirektorin Gabi Huber (fdp). Insgesamt kandidierten zehn Personen für die 7-köpfige Exekutive. Die CVP wollte ihre Mehrheit in der Regierung verteidigen und trat mit den drei Bisherigen Josef Arnold, Isidor Baumann und Oskar Epp sowie der Präsidentin der Kantonalpartei, Heidi Z’graggen, an. Die Freisinnigen schickten Sicherheitsdirektor Peter Mattli und den Attinghauser Berufsoffizier Josef Dittli ins Rennen. Der Altdorfer FDP-Landrat Stefan Fryberg, der Dittli am Nominationsparteitag unterlegen war, kandidierte wild. Markus Züst, ehemaliger Altdorfer Gemeindepräsident, Anwalt und Notar wollte den Sitz der SP, den sie vor vier Jahren verloren hatte, wieder zurückerobern. Die SVP schliesslich erhoffte sich, mit dem Bauleiter Paul Dubacher, der bereits bei den Regierungsratswahlen 1996 als Parteiloser angetreten war, den Sprung in die Exekutive zu schaffen.

Im ersten Wahlgang von Ende März krempelten die Urnerinnen und Urner ihre Regierung um: Sie bestätigten lediglich zwei bisherige Regierungsmitglieder und wählten vier neue hinzu: Das beste Resultat erzielte Bildungsdirektor Josef Arnold (cvp), gefolgt von Heidi Z’graggen (cvp), Gesundheitsdirektor Markus Stadler (parteilos), Josef Dittli (fdp), Markus Züst (sp) und Stefan Fryberg (fdp). Volkswirtschaftsdirektor Isidor Baumann (cvp) verpasste das absolute Mehr um wenige Stimmen. Auf ihn folgte Paul Dubacher (svp). Die beiden bisherigen Regierungsräte Oskar Epp (cvp) und Peter Mattli (fdp) sahen sich auf die Schlussränge verwiesen; gemäss Presseberichten war Baudirektor Epp das Debakel um die Sanierung der Bristenstrasse, die dreimal so teuer ausgefallen war wie geplant, zum Verhängnis worden, und Mattli seine erneute Kandidatur nach siebzehn Amtsjahren. Dass amtierende Regierungsräte abgewählt wurden, hat es im Kanton Uri seit 1915 nicht mehr gegeben. Damit war klar, dass die CVP ihre Mehrheit verloren hatte und dass die SP wieder in die Regierung einziehen würde. Im zweiten Wahlgang von Mitte Mai bestätigte die Urner Bevölkerung den Bisherigen Isidor Baumann (cvp) als letzten Regierungsrat. Baumann erhielt 5603 Stimmen, der SVP-Kandidat Paul Dubacher deren 4747. Damit setzt sich die neue Urner Regierung aus 3 CVP, 2 FDP, 1 SP und 1 Parteilosen zusammen [15].