Au début de l’année, les maîtres d’œuvre des Nouvelles transversales ferroviaires alpines (NLFA), BLS Alptransit SA et Alptransit Gothard SA, ont annoncé des surcoûts inattendus de 500 millions de francs au Gothard et 200 millions au Lötschberg. Surpris par l’ampleur des montants, l’OFT les a auditionnés afin de comprendre la hausse des coûts. Au Gothard, les problèmes géologiques rencontrés à Faido et Bodio (TI), ainsi que le raccordement au tracé de la variante montagne à Uri, sont à la base des surcoûts. Au Lötschberg, les surprises géologiques, les nouvelles techniques ferroviaires et des adjudications à des prix plus élevés sont en cause. Les maîtres d’ouvrage ont aussi évoqué des exigences supplémentaires demandées par l’OFT, notamment en termes de sécurité [19]. L’annonce de ces frais supplémentaires a eu pour conséquence que la Commission des transports du National a renvoyé les délibérations sur le crédit additionnel de 900 millions [20] et a demandé au Conseil fédéral un rapport complémentaire sur les surcoûts de 700 millions, ainsi qu’une prise de position de principe sur d’éventuels renoncement à des projets dans le cadre des NLFA. A l’instar de son homologue du National, la Commission des transports des Etats a aussi exigé des comptes et des possibilités de compensation et d’abandon. La Commission des finances des Etats a également demandé des explications et des modifications au Conseil fédéral dans sa façon de gérer le crédit global octroyé aux NLFA [21].

Devant la Délégation de surveillance parlementaire (DSN), la hausse de 700 millions a été expliquée dans le détail et confirmée par les maîtres d’ouvrage. Celle-ci aurait dû être couverte par les réserves. Or, l’argent a servi à autre chose, comme le doublement du tunnel du Monte Ceneri ou le raccordement à la variante montagne à Uri. Estimant qu’un déficit de communication et la gestion des réserves étaient en cause, la DSN a également exigé un rapport complémentaire au Conseil fédéral [22]. Lors de la présentation de son rapport semestriel, l’OFT a révisé les surcoûts à la hausse, passant de 700 millions de francs à 800 millions. En incluant cette somme, la nouvelle facture des NLFA atteint 15,8 milliards, soit 1,1 milliard de plus que le crédit initialement approuvé [23].

Afin de répondre aux diverses commissions parlementaires, le Conseil fédéral a utilisé le rapport que le DETEC et le DFF ont réalisé sur le financement de l’infrastructure ferroviaire (fonds FTP, voir supra) et l’a intégré dans le rapport sur les NLFA. Le gouvernement propose de renoncer à inclure une rallonge au crédit additionnel de 900 millions de francs afin de faire face aux surcoûts. Il estime que la somme allouée serait suffisante pour financer les chantiers en cours lors des quatre prochaines années, sauf imprévu majeur. C’est à ce moment-là, vers 2007-2008, que le Conseil fédéral veut procéder à un réexamen global de la situation des NLFA et des grands projets ferroviaires FTP sous l’angle de la politique des transports et des finances. Il déterminera alors l’ampleur du nouveau crédit qu’il devra demander au parlement et décidera quelles parties des divers projets passeront à la trappe. La convention sur les prestations 2007-2010 étant connue, les projets FTP non encore lancés devront être redimensionnés ou reportés. Parmi les recalés se trouvent les tunnels du Zimmerberg (ZH) et du Hirzel (ZH), la deuxième étape de Rail 2000, la deuxième étape du raccordement aux réseaux des trains à grande vitesse, la gare souterraine de Zurich, la ligne Stabio (TI) – Arsizio (IT) et la liaison Cornavin (GE)-Annemasse (F). Revenant sur la polémique des surcoûts, Moritz Leuenberger a défendu un système de contrôle « transparent » permettant de détecter rapidement si la facture s’allonge. L’OFT a toutefois été chargé de mieux signaler les événements concernant les coûts et les finances de la part des maîtres d’œuvre. La communication avec la Confédération devra aussi être améliorée. Face aux critiques de la DSN sur la gestion des réserves, le Conseil fédéral a précisé qu’il entendait continuer à les utiliser pour financer les surcoûts plutôt que de recourir à des crédits supplémentaires [24].

Suivant sa commission des transports, le Conseil national a donné son aval, par 119 voix contre 51, au crédit additionnel de 900 millions de francs. Le principal détracteur a été l’UDC, qui a tenté, en vain, de renvoyer le projet au Conseil fédéral. Sa proposition a été rejetée par 131 voix contre 47. Les députés ont toutefois insisté sur le fait qu’il fallait tout faire pour maîtriser au mieux les coûts. Outre le crédit supplémentaire, le Conseil national a débloqué une nouvelle tranche de crédits pour la deuxième phase de la première étape des NLFA. Des 3,38 milliards de francs prévus pour cette phase, 2,25 milliards seront libérés. Le Conseil national a voté l’ensemble par 134 voix contre 42 [25]. Alloués par le parlement, le Conseil fédéral a libéré 134 millions de francs de la deuxième phase de la NLFA 1. Cette somme représente une première tranche de 100 millions pour le tunnel de base du Monte-Ceneri et de 34 millions pour les aménagements sur la ligne St-Gall – Arth-Goldau. Le Conseil fédéral a également débloqué 476,5 millions de francs (prix de 1998) des réserves. 366,9 millions concernent l’axe du Lötschberg (surcoûts au niveau des adjudications et modifications des projets). 109,6 millions serviront aux préparatifs d’exploitation du tunnel de base du Lötschberg par le BLS. Le solde des réserves est de 1 597,8 millions de francs [26].

Dans le cadre du tunnel de base du Gothard (NLFA), le DETEC a octroyé, au mois de mars, à AlpTransit Gothard (ATG) l’autorisation de construire pour la section d’Erstfeld (UR), y compris le portail nord. N’ayant pas fait l’objet de recours, celle-ci est entrée en force. En effet, estimant que le projet avait été optimisé et ne voulant pas retarder la mise service du Gothard, les associations environnementales ont renoncé à recourir. Les plans de la partie sud du tronçon d’Erstfeld comprennent les huit kilomètres du tunnel de base, la zone du portail et les voies jusqu’au point de courbure au kilomètre 98.2, englobant les communes de Schattdorf, Erstfeld et Silenen. Approuvant la section reliant Ried à Altdorf au nord du point d’inflexion, la décision du DETEC n’englobe pas la manière de traverser la rivière Schächen (variante montagne ou plaine). Le parlement devra au préalable se prononcer sur l’investissement pour la réalisation de la variante montagne longue. Suite aux négociations sur les recours et aux propositions approuvées par les services spécialisés, l’autorisation contient toutefois de nombreuses charges et conditions. ATG devra ainsi présenter au DETEC diverses modifications du projet qui résultent de l’approbation échelonnée et des charges imposées par le département. Etant donné les prévisions sur l’évolution du trafic [27], le DETEC n’a autorisé que quatre voies dans la zone de Rynächt [28].

Le Conseil fédéral a adopté une convention avec les CFF en ce qui concerne l’aménagement des tronçons sur l’axe du Lötschberg. Elle porte sur le tronçon Berne – Thoune et celui du portail sud du tunnel de base du Lötschberg à St-German jusqu’à Brigue. Il s’agit des travaux de la troisième voie entre Ostermundigen et Gümligen et entre St-German et Viège, de la contribution à l’aménagement de Viège pour maîtriser le surcoût de trafic dû à la NLFA et des mesures supplémentaires de protection contre le bruit entre Rarogne et Brigue. Les travaux prévus, estimés à 189 millions de francs, sont déjà compris dans les coûts finaux probables à la NLFA [29].

Le Conseil fédéral a adopté un message sur l’analyse de la capacité des axes nord-sud du réseau ferroviaire suisse et sur la garantie du tracé des tronçons NLFA reportés. Il propose au parlement d’approuver deux crédits. Le premier a trait à la planification sur « l’analyse de la capacité des axes nord-sud du réseau ferroviaire suisse » (24 millions de francs). Ce fonds servira à financer des études de planification des axes nord-sud et un avant-projet du tracé « montagne long » dans le canton d’Uri. Le second crédit concerne « la garantie des tracés des tronçons NLFA reportés » (15 millions). Il servira à acheter des terrains [30].

La Confédération a étendu la concession du chemin de fer Lucerne-Stans-Engelberg (LSE) à la ligne du Brunig, qui appartient aux CFF. En même temps, elle a autorisé les CFF à vendre au LES l’infrastructure du chemin de fer du Brunig entre Lucerne et Interlaken. De cette manière, rien n’empêche, du point de vue de la Confédération, la fusion du chemin de fer du Brunig et du LES [31].