Mitte April beschlossen die Grünen an ihrer Delegiertenversammlung in Wil (SG) diskussionslos die Ja-Parole zum Partnerschaftsgesetz. Die Zustimmung zu den Schengen/Dublin-Abkommen fiel mit 98:20 Stimmen bei fünf Enthaltungen klarer aus, als es die vorangehenden kritischen Voten hatten erwarten lassen. Streitpunkt der Debatte war die Frage, ob die beiden Polizei- und Asylabkommen einen konsequenten Schritt hin zum von der GP angestrebten „Europa ohne Grenzen“ darstellten oder ob sie nicht vielmehr einen weiteren Beitrag zur Abschottung der „Festung Europa“ bildeten. Als Hauptgeschäft verabschiedeten die Grünen nach ausführlicher Diskussion ein Positionspapier zur Bildungspolitik. Das basisdemokratische Programm, das eine nachhaltigere Bildung, „gerechteren“ Mitteleinsatz sowie mehr Chancengleichheit (auch für Sans-Papiers) forderte und sich für Integration statt Selektion an den Schulen aussprach, hatte die Partei als Beitrag zur Uno-Dekade „Bildung für nachhaltige Entwicklung“ bereits Anfang Jahr präsentiert. – Das Demokratische Nidwalden wurde als Mitglied, das „Grüne Appenzell“ als Beobachter in die GP Schweiz aufgenommen. Damit sind die Grünen in allen Kantonen mit Ausnahme von Graubünden und Obwalden vertreten [39].

Im August befürworteten die Grünen mit 102:1 Stimmen die Ausweitung der Personenfreizügigkeit auf die neuen EU-Länder. In einer Resolution forderten sie den Bundesrat auf, unverzüglich einen „Plan Wahlen“ für die Energie aufzustellen, um die künftige autonome Versorgung der Schweiz basierend auf erneuerbaren Energien sicherzustellen. Konkret sehen die bereits im Mai vorgestellten „Energieperspektiven 2050“ eine 2000-Watt-Gesellschaft vor, wonach die Schweiz ihren Verbrauch bis 2050 pro Kopf und Jahr auf 17 500 Kilowattstunden resp. 2000 Watt senken soll, was einem Drittel des heutigen Konsums und dem heutigen Weltdurchschnitt entspricht. Diese Menge sei zu 100% aus erneuerbaren Energien zu produzieren – heute decken diese vor allem aus Wasserkraft und Holz gewonnenen Energieträger nur 20% des Verbrauchs. In einer zweiten Resolution sprachen sich die Grünen für eine Unterstützung der Volksinitiative „Rettet den Schweizer Wald“ der Vereinigung Helvetia Nostra aus, die sich gegen die vom Bundesrat vorgeschlagene Teilrevision des Waldgesetzes richtet [40].

Im Herbst gaben die Delegierten der GP in Stans (NW) einstimmig die Ja-Parole zum von ihnen mit lancierten Gentech-Moratorium in der Landwirtschaft heraus. Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) äusserte die Hoffnung, das erstmalige Bündnis mit dem schweizerischen Bauernverband bilde den Anfang einer erfolgreichen ökologischen Ausrichtung der schweizerischen Landwirtschaftspolitik. Mit 82:7 Stimmen bei zehn Enthaltungen empfahlen die Grünen nach engagierter Diskussion die Liberalisierung der Ladenöffnungszeiten in Bahnhöfen zur Ablehnung. In einer Resolution forderten sie Bundesrat und Parlament auf, die Lex Koller nicht aufzuheben, ohne Schutzmassnahmen zu ergreifen; die Möglichkeit für Personen mit Wohnsitz im Ausland, uneingeschränkt Grundstücke zu erwerben, werde zu einer starken Zunahme von Wochenendhäusern und Zweitwohnungen führen, was sich katastrophal auf die Landwirtschaft, die Umwelt und die Wirtschaft in den Tourismusregionen auswirke [41].

Weil ihnen die Grünen zu weit links stehen, zogen die aus der Zürcher GP ausgetretenen Grün-Liberalen Zürich (GLiZ) ihr Beitrittsgesuch bei der GP Schweiz zurück und beschlossen den Alleingang. Im Nationalrat hatte sich der Grünliberale Martin Bäumle (ZH) nach seinem Ausschluss aus der Grünen Fraktion um die Aufnahme in die EVP-EDU-Fraktion bemüht, welche jedoch nicht zustande gekommen war – im Gegensatz zum Zürcher Kantonsrat, wo die beiden GLiZ-Vertreter der EVP-Fraktion genehm sind [42].

Zu Beginn der Wintersession übernahm die Berner Nationalrätin Therese Frösch das Fraktionspräsidium der Grünen. Die 2003 ins Parlament gewählte frühere Stadtberner Gemeinderätin (Exekutive) löste die Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ab, welche die Bundeshausfraktion zwölf Jahre lang geleitet hatte und im Frühjahr 2006 auch aus dem Nationalrat ausscheiden wird. Neue Vizefraktionschefin wurde Anne-Catherine Menétrey-Savary (VD) an Stelle von Pia Hollenstein (SG). Das Nationalratspräsidium, das die Grünen nach bald zwanzigjähriger Präsenz in der Bundesversammlung anstrebten, wurde ihnen in der Wintersession verwehrt [43].

Ende Jahr ergriffen die Grünen das Referendum gegen das neue Asyl- und das Ausländergesetz; sie bezeichneten beide Vorlagen als fremdenfeindlich [44].

Obschon in den kantonalen Parlamentswahlen wegen der Verkleinerung der Legislativen Solothurns und Aargaus 104 Mandate weniger zu vergeben waren, konnten die Grünen ihre Vertretung von 26 auf 39 Sitze ausbauen: In Genf legten sie fünf Sitze zu, in Neuenburg und in Solothurn je drei, im Wallis zwei, und im Aargau konnten sie ihren Besitzstand wahren. Auch in den Regierungsratswahlen waren die Grünen erfolgreich: In Genf gelang es David Hiler (gp), auf Kosten der Liberalen Micheline Spoerri ein zweites Regierungsmandat zu erringen, und in Neuenburg eroberte Fernand Cuche (gp) den Platz des zurückgetretenen Liberalen Pierre Hirschy.