Le Conseil fédéral a présenté son message sur la réforme des chemins de fer 2. Il comprend quatre points: 1) Suite à l’acceptation de la nouvelle péréquation financière, une réglementation des compétences financières claire sera axée sur deux niveaux: la Confédération financera le réseau de base, les cantons le réseau complémentaire. Les financements mixtes seront supprimés. 2) La réforme des chemins de fer 2 vise à mettre sur pied d’égalité les chemins de fer privés et les CFF. Les investissements dans l’infrastructure des chemins de fer privés feront l’objet de conventions de prestations, telles qu’elles existent déjà pour les CFF. Cela implique une gestion axée sur des objectifs et une augmentation de la marge de manœuvre entrepreneuriale. 3) Pour enrayer le vandalisme, les actes d’incivilité et les voies de fait contre les clients et le personnel des gares, la protection des voyageurs sera régie par la loi et le service de sécurité des transports publics bénéficiera d’une base légale. Les entreprises de transport (chemins de fer, bus, bateaux et remontées mécaniques) devront procéder à une analyse des risques de leur réseau, puis mettre en place l’un des deux types de services de sécurité: soit elles confient cette mission à une police des transports chargée exclusivement de tâches de sécurité, soit le personnel d’exploitation ou du roulement, spécialement formé, s’en charge (double fonction). Les agents de sécurité dans les transports ne porteront pas d’armes à feu. Ils continueront à ne pas pouvoir procéder à des arrestations au sens strict du terme. Ils pourront tout au plus remettre une personne à des policiers. Les tâches des polices cantonales et communales resteront inchangées et la collaboration sera encore intensifiée. Le financement de la sécurité dans les transports publics n’est pas réglé par le projet de loi. Dans son message, le Conseil fédéral indique que les coûts doivent être assumés en première ligne par les entreprises elles-mêmes. À certaines conditions, ces dernières pourront demander à la collectivité publique, dont relève leur activité, de supporter une partie du financement. 4) L’accès non-discriminatoire au réseau a été assuré jusqu’à présent grâce à la séparation comptable et organisationnelle de l’infrastructure et des transports, ainsi qu’à l’aide d’une commission d’arbitrage indépendante. Pour améliorer son efficacité, cette commission sera dotée de compétences accrues dans son activité de surveillance. Ainsi, elle pourra ouvrir des enquêtes d’office lorsqu’elle supposera que des comportements discriminatoires ont lieu en relation avec l’accès au réseau [39].

Dans son message, le Conseil fédéral a souligné que la loi est compatible aux directives européennes. La réforme des chemins de fer 2 créé les conditions permettant de reprendre les deux paquets ferroviaires de l’UE: l’amélioration de l’interopérabilité et la promotion de la concurrence. Les trains devront pouvoir circuler sans entraves à travers les frontières nationales. La construction des lignes ferroviaires et la fabrication du matériel roulant approprié seront facilitées par la standardisation des procédures de contrôle et par leur reconnaissance réciproque. Le gouvernement souhaite aussi participer à l’élaboration des normes UE, afin d’harmoniser les normes techniques et le régime général de la sécurité d’exploitation [40].

Le Conseil national n’a pas approuvé le message sur la réforme des chemins de fer 2 et a suivi l’avis de sa commission compétente en renvoyant le projet au Conseil fédéral par 119 voix contre 58 et 2 abstentions. L’« alliance » entre l’UDC et le PS, renforcée par une majorité d’élus romands des autres partis, a gagné le bras de fer contre les partisans d’une réforme corrigée par la commission préparatoire. Le nouveau système de financement, qui prévoit une répartition des lignes entre un réseau de base à charge de la Confédération et un réseau complémentaire financé par les cantons, a constitué le principal point d’achoppement. Les élus romands se sont massivement mobilisés à son encontre, car la moitié du réseau complémentaire se situe en Suisse romande. Le Conseil national a aussi exigé une réorganisation du paysage ferroviaire et une solution à la problématique des caisses de pension des entreprises de transport concessionnaires. Le Conseil des Etats a suivi le Conseil national en renvoyant également le projet de réforme des chemins de fer 2 au Conseil fédéral [41].