Die naturwissenschaftlichen Fakultäten der Universitäten Bern und Freiburg prüfen eine engere Zusammenarbeit, wobei eine Fusion nicht ausgeschlossen wird. In der Medizin spannt Bern mit Basel, in der Veterinärmedizin mit Zürich zusammen. Die Vetsuisse-Fakultät wird vorerst standortübergreifend die drei Departemente Präklinik, Klinik und Paraklinik umfassen. Nachdem die Leitung der Universität Bern auf Antrag der Wirtschafts- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät beschlossen hat, das Nebenfach Medienwissenschaften zu streichen, steuert das Institut für Kommunikations- und Medienwissenschaft einerseits ein entsprechendes Modul zum sozialwissenschaftlichen Bachelor in Bern bei, andererseits beteiligt es sich mit einem Modul Politische Kommunikation am Medienmaster, den Freiburg ab 2007 anbietet; damit kann das Berner Institut als Lehr- und Forschungseinheit erhalten bleiben [38].

Die fünf Universitäten mit medizinischen Fakultäten, Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich, sowie die Tessiner Universität in Lugano gründeten gemeinsam die „Swiss School of Public Health“. Diese soll die Weiterbildung in Gesundheitsökonomie und öffentlicher Gesundheit koordinieren und weiterentwickeln. Schwerpunkte bilden wirtschaftliche Aspekte der medizinischen Versorgung und gesellschaftliche, ökologische und andere Bedingungen für ein gesundes Leben im Sinne der Volksgesundheit. Die sechs Universitäten bieten einzeln oder in Verbünden Absolventen verschiedener Fachrichtungen bereits mehrere Nachdiplom-Programme an. Die im Rahmen der „Schule“ verstärkte Kooperation wird vom Bund in den Jahren 2005-2007 mit 6 Mio Fr. unterstützt [39].

Im Rahmen ihres Sparprogramms schlug die Luzerner Regierung vor, nur noch eine einzige Hochschule in der Zentralschweiz zu führen und so jährlich rund 3 Mio Fr. einzusparen. Sie beabsichtigt, die Universität Luzern, die Fachhochschule Zentralschweiz und die Pädagogische Hochschule Zentralschweiz unter einer gemeinsamen Führung und einheitlichen Trägerschaft zusammenzulegen und sie zu stärken. Der Vorschlag stiess im Gegensatz zu den übrigen Sparmassnahmen auf allgemeine Akzeptanz [40].