Gegen den Antrag des Bundesrates lehnte der Nationalrat eine Motion Rey (sp, VS) ab, welche einen Kontrollmechanismus verlangt hatte, um die Vereinheitlichung der zeitlichen Bemessung der direkten Steuer zu überprüfen und die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes sicherzustellen; die Ratsmehrheit war der Auffassung, dass das Anliegen bereits erfüllt sei [23].

In seiner Antwort auf eine Interpellation Béguelin (sp, VD) erklärte der Bundesrat, die Vorschläge zur Schliessung der Kontrolllücke bei der formellen Steuerharmonisierung seien nicht auf uneingeschränkte Zustimmung gestossen. 24 Kantone hätten sich zwar grossmehrheitlich dafür ausgesprochen. Die empfohlene Schaffung einer Kontrollkommission erhielt jedoch weniger Zuspruch. Verbände und Organisationen zeigten sich noch kritischer. Aufgrund der negativen Reaktionen seien die politischen Mehrheiten nicht vorhanden, um das Projekt durchzubringen, weshalb der Bundesrat beschlossen habe, einstweilen auf weitere Schritte zu verzichten. Wenn er aber ein entsprechendes deutliches Signal von der Finanzdirektorenkonferenz erhalte, wolle er das Thema wieder aufnehmen [24].