Die Räte billigten die Leistungsvereinbarung zwischen dem Bund und den SBB für die Jahre 2007-2011 mit einem Zahlungsrahmen von 5,88 Mia Fr. Davon entfallen rund 1,8 Mia Fr. auf die Betriebskosten und 4,1 Mia Fr. auf Investitionen (3,7 Mia Fr. für Substanzerhaltung). Bundesrat Leuenberger erklärte mit Hinweis auf die Entlastungsprogramme 2003 und 2004, dass der Zahlungsrahmen derart knapp berechnet sei, dass sich die SBB Kürzungsübungen nicht mehr ohne weiteres gefallen lassen könnten [31].

2005 hatte das Parlament die zweite Etappe der Bahnreform an die Regierung zurückgewiesen, weshalb die vorgesehene Neuordnung der Finanzierung der Eisenbahn-Infrastruktur nicht wie geplant auf den 1. Januar 2007 in Kraft treten kann. Da der 8. Rahmenkredit für die Privatbahnen Ende 2006 erschöpft ist, beantragte der Bundesrat dem Parlament als Übergangslösung einen 9. Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an die konzessionierten Eisenbahnunternehmen (KTU) für die Jahre 2007–2010 von 600 Mio Fr. und die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen [32].

Gegen den Willen des Bundesrates erhöhte der Ständerat diesen Kredit auf 800 Mio Fr. – die KTU hatten aufgrund des Bedarfs 1,05 Mia Fr. verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Pfisterer (fdp, AG) reiche die von der Regierung beantragte Summe weder für die Erhaltung der Substanz noch für die nötigen Erweiterungsinvestitionen aus. Die Privatbahnen müssten haushälterisch mit den Finanzmitteln umgehen sowie Umfang und Optimierungsmöglichkeiten ihres Angebots prüfen, allenfalls auch die Umstellung vom Bahn- auf den Busbetrieb. Der Bundesrat erwäge mittelfristig Streckenschliessungen aus Sicherheitsgründen, aber auch aufgrund unverhältnismässiger Sanierungskosten. Bundesrat Leuenberger hielt an den von der Regierung beantragten 600 Mio Fr. fest, da der Bund sparen müsse, die Parteien für Bildung und Forschung aber mehr Geld ausgeben wollten. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat sowohl den 9. Rahmenkredit für die KTU als auch die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in ein bedingt rückzahlbares Darlehen einstimmig an. Er überwies zudem ein Postulat, das einen Bericht zum Zustand der Infrastruktur der Privatbahnen verlangt [33].

Im Nationalrat stand eine weitere Erhöhung des KTU-Kredits auf 920 Mio Fr. zur Diskussion, welche die Mehrheit der Verkehrskommission vorschlug und die von der SP und den Grünen getragen wurde. CVP und FDP wollten sich dem Ständerat anschliessen (800 Mio), die SVP unterstützte den Vorschlag des Bundesrats (600 Mio). Die grosse Kammer folgte mit 109:80 Stimmen dem Ständerat und setzte den Rahmenkredit für die KTU auf 800 Mio Fr. fest. Ein Antrag der SVP, für Strecken, die längerfristig stillzulegen sind, keine wertvermehrenden Investitionen zu tätigen, wurde mit 116:73 Stimmen verworfen. In der Gesamtamtstimmung hiess der Nationalrat den Rahmenkredit für die KTU mit 161:8 Stimmen bei 20 Enthaltungen gut. Die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen hatte die Verkehrskommission des Nationalrats erst andiskutiert, aber noch nicht beschlossen [34].

Das Parlament billigte das Abkommen mit Italien betreffend die Erneuerung der Simplonkonzession sowie den Betrieb der Bahnstrecke bis Domodossola diskussionslos [35].

Die SBB nahmen das neue Zugsicherungssystem European Train Control System (ETCS) in Betrieb. ETCS ist europaweit kompatibel und liefert dem Lokomotivpersonal alle Fahrinformationen direkt in den Führerstand. Es ermöglicht die Erhöhung der Fahrtgeschwindigkeit und damit eine raschere Zugfolge, was die Kapazität der Strecke erheblich verstärkt. Ab Juli verkehrten die Personenzüge auf der Neubaustrecke Mattstetten-Rothrist vorerst in den Randstunden am Abend mit ETCS, ab Dezember alle täglich über 240 Züge, wobei die Höchstgeschwindigkeit vorerst auf 160 km/h beschränkt blieb. Ab Dezember 2007 soll die Maximalgeschwindigkeit auf 200 km/h erhöht werden [36].