Im Februar gab Benedikt Weibel nach 14 Jahren im Amt seinen Rücktritt als SBB-Chef auf Ende Jahr bekannt. Zu seinem Nachfolger wählte der SBB-Verwaltungsrat den Baselbieter Andreas Meyer, welcher bei der Deutschen Bahn (DB) für die S-Bahnen von Berlin und Hamburg zuständig ist [41].

Die SBB boten Studierenden an, sie zu Lokomotivführern auszubilden. Nach einer 35 Wochen dauernden Schulung sollen sie zu Spitzenzeiten und an Wochenenden zur Entlastung der Vollzeit-Lokomotivführer auf S-Bahnlinien zum Einsatz kommen. Die Bahnangestellten kritisierten dieses Ansinnen; sie befürchteten Lohndumping und einen Verlust an Sicherheit [42].

Im April kündigten die SBB ihre Gesamtarbeitsverträge per Ende Jahr; um wettbewerbsfähig zu bleiben, brauche es branchenübliche Arbeitsbedingungen. Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, absolvierten Mitte Dezember rund 2000 Lokomotivführer ihren Dienst nach Vorschrift. Kurz vor dem Auslaufen des GAV einigten sich Eisenbahngewerkschaften und SBB auf einen neuen Gesamtarbeitsvertrag: Die SBB-Angestellten erhalten 3,5% mehr Lohn und einen Tag mehr Ferien, müssen dafür aber 41 statt 40 Stunden pro Woche arbeiten [43].

Die Ankündigung von SBB Cargo vom vergangenen Jahr, in der ganzen Schweiz nur noch 323 von 650 Stationen für den Schienengüterverkehr bedienen zu wollen, hatte in vielen Kantonen Proteste ausgelöst. Nach zahlreichen Verhandlungen gab das Unternehmen im Frühjahr bekannt, es habe für 170 Firmen eine spezifische Lösung gefunden, doch müssten zahlreiche Kleinkunden künftig auf die Strasse umsteigen. Mit der geplanten Restrukturierung könne SBB Cargo 96% des bisherigen Transportvolumens auf der Schiene behalten, und die Zahl der abzubauenden Stellen reduziere sich um 28 auf insgesamt 620. Ein Umbau des Rollmaterialservice soll die Produktivität in den Werkstätten Biel und Bellinzona erhöhen; SBB Cargo beabsichtige aber, das Werk Biel künftig mit einem starken Partner zusammen zu führen. Diese Neuausrichtung des Unternehmens bringe jährliche Einsparungen von 25 Mio Fr. [44].

Die SBB schrieben 2006 mit einem Ergebnis von 259,4 Mio Fr. wieder schwarze Zahlen. Verbesserungen in allen operativen Bereichen und die Auflösung von Rückstellungen ermöglichten das Resultat. Der Personenverkehr erzielte ein Betriebsergebnis von 246,2 Mio Fr. (2005: 132,7 Mio). Die Zahl der zurückgelegten Personenkilometer stieg um 3,2% auf 14,27 Mia; die SBB beförderten 285,1 Mio Reisende (+3,3%). Der Güterverkehr musste auch 2006 Verluste hinnehmen, das Betriebsergebnis fiel mit -37,3 Mio Fr. aber deutlich besser aus als im Vorjahr (-166,4 Mio). Die gesamte Verkehrsleistung von SBB Cargo übertraf mit 12,34 Mia Nettotonnenkilometern erstmals die 12-Mia-Grenze (2005: 11,48 Mia). Die SBB Infrastruktur erzielte ein Jahresergebnis von 91,8 Mio Fr. (+74,4 Mio). Die Erfolgsrechnung 2006 schloss mit einem Betriebsertrag von 7,217 Mia Fr. (+1,0%) und einem -aufwand von 6,922 Mia Fr. (-2,6%) [45].