Nach dem Rücktritt von Paul Wyser (parteilos) wurde in Appenzell Innerrhoden die Positions des Säckelmeisters (Finanzdirektors) neu besetzt. Die Ausmarchung fand zwischen dem Hotelier Leo Sutter und dem Präsidenten der Appenzeller Tourismusorganisation, Sepp Moser, statt. Am Landsgemeindesonntag im April setzte sich Moser (cvp) gegen Sutter schon beim ersten Mehren durch. Die übrigen Mitglieder der Standeskommission, Bruno Koster (parteilos, Regierender Landammann, Volkswirtschaftsdepartement), Carlo Schmid (cvp, Stillstehender Landammann, Erziehungsdepartement), Stefan Sutter (cvp, Umwelt- und Baudepartement), Werner Ebneter (cvp, Gesundheits- und Sozialdepartement), Melchior Looser (cvp, Justiz-, Polizei- und Militärdepartement) und Lorenz Koller (cvp, Land- und Forstwirtschaftsdepartement) wurden diskussionslos bestätigt [76].

Bei den Ersatzwahlen für den freigewordenen Sitz des zurückgetretenen Hans-Peter Lenherr (fdp) traten Reto Dubach (fdp) und als Herausforderer Kantonsratspräsident Matthias Freivogel (sp) an. Die SP hatte ihren zweiten Sitz in der Regierung im Jahr 2000 verloren [77] und wollte diesen zurückerobern. Freivogel (sp) trat als klarer Gegner neuer Atomkraftwerke und eines Atommülllagers in Benken (ZH) auf und präsentierte sich als frische Kraft für den Kanton. Dubach (fdp) war vor der Kandidatur für den Regierungsrat bereits als Staatsschreiber in der Kantonsverwaltung tätig gewesen. SVP und EDU empfahlen Dubach (fdp) zur Wahl, die JSVP mochte dagegen keinen der beiden Kandidaten unterstützen, da sie sich einen jüngeren Regierungsrat mit guten Kontakten zur Privatwirtschaft wünschte. Bei der Wahl im September war Reto Dubach (fdp) erfolgreich. Er wurde mit ungefähr 2000 Stimmen Vorsprung auf Matthias Freivogel (sp) gewählt. Die Zusammensetzung der fünfköpfigen Regierung (2 SVP, 2 FDP, 1 SP) blieb damit gleich. Eine geringe Stimmbeteiligung und eine hohe Anzahl an Leerstimmen liessen auf Unzufriedenheit über beide Kandidaten bei einem Teil der Bevölkerung schliessen [78].