Dans sa réponse à une interpellation de la conseillère nationale Jasmin Hutter (udc, SG), le Conseil fédéral a indiqué que le montant que la Suisse doit verser à l'UE pour son association à Schengen/Dublin sera supérieur aux 8,2 millions de francs prévus dans le message sur ces accords, qui tablait sur leur entrée en vigueur au 1er janvier 2006. La ratification des accords d'association à Schengen/Dublin ayant toutefois pris plus de temps que prévu (ces accords devraient, selon le gouvernement, entrer en vigueur au deuxième semestre 2007 et être appliqués, au plus tôt, à l'automne 2008), il a précisé qu’au montant initial allaient s’ajouter (en additionnant les montants dus à l'UE et les coûts internes à la Confédération) 22 millions de francs pour l'année 2007 et 18 millions de francs pour l'année 2008 [15].

Le Département fédéral de justice et police a lancé une procédure de consultation relative à l’approbation et la mise en œuvre de l’échange de notes entre la Suisse et l’UE sur la reprise du code-frontières Schengen (développement de l’acquis de Schengen), et les modifications du droit sur les étrangers et sur l’asile qui en découlent. De manière générale, hormis quelques critiques d’ordre général émises par l’UDC, tous les partis politiques et une grande majorité des cantons se sont prononcés de manière favorable sur ces projets [16].

Au mois d’octobre, le Conseil fédéral a approuvé et transmis au parlement, le projet d'échange de notes avec l'UE concernant la reprise du code-frontières Schengen, ainsi que les modifications consécutives de la loi fédérale sur les étrangers (LEtr). D'après le code-frontière Schengen, une décision dûment motivée et sujette à recours doit être rendue au moyen d'un formulaire spécial dans tous les cas de refus d'entrée prononcé aux frontières extérieures de Schengen. La LEtr ne prévoyant une telle décision que sur demande expresse, elle doit par conséquent être modifiée dans ce sens. La Suisse aura la possibilité de renvoyer des clandestins qui n'ont pas déposé de demande d'asile sur son territoire dans l'Etat signataire des accords de Dublin compétent. En outre, en vertu de Schengen, les compagnies aériennes seront contraintes de communiquer aux autorités certaines données personnelles concernant leurs passagers, afin de renforcer la lutte contre l'immigration illégale. Les compagnies qui ne s'acquitteront pas de cette obligation pourront se voir infliger une amende [17].

Pour des raisons pratiques et politiques, la Suisse a renoncé au mois de juin à prendre la présidence de la zone Schengen pour le second trimestre 2007. Le conseiller fédéral Christoph Blocher, en charge du dossier, a notamment justifié cette décision par le fait qu’il n’était pas aisé pour un Etat non membre de l’UE de présider un club de 30 pays, surtout lorsqu’il s’agit d’établir des relations avec le Parlement européen [18].