Ende 2006 hatte der Bundesrat seine Botschaft zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs vorgestellt. Das dritte Paket zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (NFA) hatte im Wesentlichen den Finanzausgleich im engeren Sinne zum Gegenstand. Dabei ging es um die Dotierung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Die Botschaft war unterteilt in drei Vorlagen von denen die erste den Bundesbeschluss über die Festlegung der Grundbeiträge des Ressourcen- und Lastenausgleichs beinhaltete. Hierbei ging es um die Festlegung des Beitrages der ressourcenstarken Kantone und jene des Bundes an den Ressourcenausgleich zu Gunsten der ressourcenschwachen Kantone. Andererseits bestimmt dieser Bundesbeschluss die Grundbeiträge des Bundes an Kantone mit Sonderlasten, dies im Rahmen des geografisch-topografischen und des soziodemografischen Lastenausgleiches. Der zweite Bundesbeschluss behandelte die Festlegung des Härteausgleichs, welcher jenen ressourcenschwachen Kantonen zugute kommt, die durch den Übergang zur NFA nicht ein bestimmtes Mindestmass an finanzieller Entlastung erfahren. Bei der dritten Vorlage ging es um eine Übergangsbestimmung zum IV-Gesetz, zur Regelung der beim Übergang zur NFA noch ausstehenden nachschüssigen Beiträge der IV an die Behinderteninstitutionen [63].

Der Ständerat behandelte die drei Vorlagen zuerst. Dabei versuchten Vertreter der ressourcenstarken Kantone ohne Erfolg ihre Belastung zu reduzieren. Den Ressourcenausgleich dotierte der Ständerat mit 3,06 Mia Fr., wobei der Bund mit 1,8 Mia und die ressourcenstarken Kantone mit 1,26 Mia pro Jahr zur Kasse gebeten werden. Die Mehrheit des Ständerates war der Ansicht, dass Kürzungen das anvisierte Ziel gefährden würden, dass alle Kantone bei einem Landesmittel von 100% ein Ressourcenpotential von 85 Punkten erreichen. Den Härteausgleich, der zu zwei Dritteln vom Bund und zu einem Drittel von den Kantonen bezahlt wird, dotierte der Ständerat schliesslich mit 430 Mio Fr. [64].

Die Debatte im Nationalrat verlief ähnlich wie im Ständerat. Die grosse Kammer folgte dem Bundesrat und verwarf sämtliche Änderungsanträge. Beim Ressourcenausgleich scheiterten Begehren, die den auf 70% des vertikalen Ausgleichs festgesetzten horizontalen Ausgleich der Kantone reduzieren oder erhöhen wollten. Beim Härteausgleich scheiterte eine bürgerliche Minderheit mit dem Anliegen, den innert 28 Jahren abzubauenden Härteausgleich bereits zu Beginn um einen Viertel zu kürzen. Bundesrat Merz warnte erfolgreich davor, an diesem Gefäss etwas zu ändern, da es als „politisches Schmiermittel“ wichtig für die Akzeptanz des NFA sei [65].

Für Differenzen sorgten die Bestimmungen im IV-Gesetz zur Regelung der beim Übergang zur NFA noch ausstehenden nachschüssigen Beiträge der IV an die Behinderteninstitutionen. Von diesen nach altem Recht noch fälligen Zahlungen von 1,96 Mia Fr. hatte der Bund 736 Mio und die Kantone 245 Mio zu übernehmen. Die restlichen 981 Mio sollten gemäss Beschluss des Ständerates der IV belastet werden. Anstelle dieser Lösung beschloss der Nationalrat nun aber mit 113 zu 70 Stimmen, die 981 Mio nicht der IV, sondern je zur Hälfte Bund und Kantonen zu überbürden. Die Kommissionsmehrheit, bei der Vertreter des links-grünen Lagers und der SVP-Fraktion zusammenspannten, argumentierte, dass die Kantone finanziell mittragen sollten, was sie mit verantwortet hätten. Der Ständerat widersetzte sich dem Vorschlag des Nationalrates und schlug einen Kompromiss vor, als der Nationalrat an seinem Modell festhielt. Bei dieser Lösung sollten die 981 Mio hälftig auf die IV und die öffentliche Hand verteilt werden. Diesem Kompromiss schloss sich der Nationalrat in der Folge an [66].

Eine Motion der WAK des Nationalrates, welche den Bundesrat beauftragte, in Zusammenarbeit mit den Kantonen Verbesserungsmöglichkeiten der Kontrolle über den Bezug der direkten Bundessteuer zu prüfen, mit dem Ziel, die Ordnungsmässigkeit zu gewährleisten, wurde vom Nationalrat angenommen. Der Ständerat nahm die Motion ebenfalls an, allerdings in leicht geänderter und präziserer Fassung. Dem stimmte anschliessend auch der Nationalrat zu [67].

Besonders zu Reden gab der NFA im Kanton Tessin, welcher sich mit der Tatsache konfrontiert sah, neu zu den Nettozahlern des Systems zu gehören. Bei den früheren Berechnungen war er noch unter den Nettoempfängern gewesen. Diese Verschiebung sorgte in der Südschweiz für Verwunderung und Empörung. Man fragte sich, wie es sein könne, dass der Kanton mit den tiefsten Löhnen und der zweithöchsten Arbeitslosenquote zu den Reichen zählen kann. Der Grund für die Veränderung war allerdings nicht in Bern, sondern im Tessin selbst zu suchen, das eine erfreuliche wirtschaftliche Entwicklung durchgemacht hatte [68].