Zur Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die 2007 verabschiedete neue schweizerische Strafprozessordnung und zur Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft siehe unten, Teil I, 1c (Gerichte).

Als Zweitrat befasste sich der Nationalrat mit der Vereinheitlichung der Jugendstrafprozessordnung. Eintreten war unbestritten. Auf Antrag seiner Rechtskommission lehnte der Rat die vom Ständerat gutgeheissene Möglichkeit ab, dass ein jugendlicher Angeklagter in allen Phasen des Verfahrens eine Vertrauensperson beiziehen kann, wenn nicht die Interessen des Verfahrens dagegen sprechen. Umstritten war, wann ein jugendlicher Angeklagter Anrecht auf einen Pflichtverteidiger haben soll. Durchgesetzt hat sich eine härtere Lösung als im Ständerat. Gegen die Linke beschloss die Ratsmehrheit, dass diese unentgeltliche Verteidigung erst dann zwingend ist, wenn eine Freiheitsstrafe von mehr als drei Monaten droht. Auch beim Beschluss des Ständerats, dass die stationäre Beobachtung eines Verurteilten gleich wie die Untersuchungshaft an die Freiheitsstrafe anzurechnen ist, setzte sich die bürgerliche Mehrheit durch und strich diese Bestimmung. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat mit 17 zu 8 Stimmen an der Möglichkeit des Beizugs einer Vertrauensperson durch den Angeklagten fest. Auch bei der Pflichtverteidigung hielt er an seinem ersten Beschluss fest, der diese bereits dann vorsieht, wenn eine Freiheitsstrafe von mindestens vierzehn Tagen droht. Bei der Frage der Anrechnung einer stationären Beobachtung an eine Freiheitsstrafe machte der Ständerat einen Kompromissvorschlag, indem diese „angemessen“, das heisst unter Umständen nicht vollumfänglich angerechnet werden soll [37].