Die SVP hatte ihren Ärger über die im Herbst 2007 veröffentlichten Berichte der GPK und einer von dieser gebildeten Subkommission über die Umstände der Demission von Bundesanwalt Valentin Roschacher noch nicht überwunden. Die in diesen Texten und in mündlichen Äusserungen enthaltenen Verdächtigungen und Anschuldigungen gegenüber dem damaligen Vorsteher des EJPD, Bundesrat Blocher, und überhaupt das Vorgehen dieser Kommissionen, stellten nach den Worten des SVP-Fraktionschefs Baader (BL) einen „der grössten Skandale der Geschichte des Schweizer Parlamentes“ dar. Dieses Vorgehen müsse deshalb von einer Parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) restlos aufgeklärt werden. Das Parlament lehnte die Einsetzung einer PUK mit 109 zu 51 Stimmen ab. Alt-Bundesrat Blocher reichte im September auch noch eine Strafklage gegen die beteiligten Angestellten der Bundesanwaltschaft und einzelne GPK-Mitglieder ein [28].

Im September legte der Bundesrat dem Parlament seine Botschaft über die Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die neue schweizerische Strafprozessordnung vor. Die wichtigste Neuerung besteht darin, dass gemäss den Vorgaben der neuen Ordnung das eidgenössische Untersuchungsrichteramt aufgehoben wird und das Vorverfahren vollständig in den Händen der Bundesanwaltschaft liegt. Politisch am brisantesten war der Vorschlag des Bundesrates über die Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft. Trotz der im Vorjahr von den Parteien in der Vernehmlassung vorgebrachten Einwände hielt er daran fest, dass der Bundesanwalt allein der Exekutive unterstellt sein soll. Diese soll nicht nur die Tätigkeit der Bundesanwaltschaft überwachen, sondern dieser auch allgemeine Weisungen über die Aufgabenerfüllung erteilen dürfen. Um die Unabhängigkeit der Strafverfolgungsbehörden zu garantieren sind hingegen konkrete Anweisungen in Einzelfällen explizit untersagt. Dieses Interventionsverbot betrifft sowohl die Einleitung, die Durchführung und den Abschluss eines Verfahrens als auch die Art und Weise der Vertretung der Anklage vor Gericht und das Ergreifen von Rechtsmitteln [29].