Anfangs 2008 wurde die Forschungsinitiative „Nano-Tera“ lanciert. Das Forschungsprogramm soll den Weg zu neuen Produkten oder Systemen im Bereich von Gesundheit, Sicherheit und Umwelt bahnen und so der Industrie zukunftsgerichtete Impulse geben. Anwendungsmöglichkeiten bestehen namentlich in der Medizin, in der Umweltbeobachtung und in der rationellen Energienutzung. Am Konsortium sind neben der ETH Zürich und der ETH Lausanne die Universitäten von Basel, Neuenburg und der italienischen Schweiz sowie das Zentrum für Elektronik und Mikrotechnik (Neuenburg) beteiligt. Die Führung liegt bei der ETH Lausanne. Der Bund stellt für das Programm während vier Jahren insgesamt 60 Mio Fr. zur Verfügung. Die Träger der einzelnen Projekte, also die Hochschulen, müssen die Hälfte der Kosten selber tragen, so dass die Summe auf 120 Mio Fr. verdoppelt wird [72].

Im Januar wurden die Ergebnisse einer Wirkungsprüfung der Nationalen Forschungsprogramme (NFP) veröffentlicht. Im Auftrag des Staatssekretariats für Bildung und Forschung hatte das Zentrum für Wissenschaftsstudien 12 der bisher rund 60 Programme hinsichtlich ihrer konkreten Folgen analysiert. Die Experten attestierten den Forschungsprogrammen gut sichtbare Effekte im Forschungssystem selbst. Aus den NFP resultierten zahlreiche Publikationen und Doktorate und einige führten auch zu dauerhaften Schwerpunktbildungen an den Universitäten. Zudem beurteilten sie auch die Wirkungen mit Blick auf die praktischen Anwendungen als substantiell. Verbesserungspotenzial orteten sie bei der Formulierung der Forschungsziele und der Berichterstattung [73].

In der Frühjahrssession lehnte der Ständerat eine Motion der Finanzkommission des Nationalrats ab, mit welcher die Vertiefung und Ausweitung dieser Wirkungsprüfung gefordert wurde. Sie sollte auch auf die Projekte des Nationalfonds und die schweizerische Beteiligung an den EU-Forschungsprogrammen ausgeweitet werden [74].

Die Schweiz erhielt aus dem 6. EU-Forschungsrahmenprogramm (2003-2006) überproportional viele Forschungsgelder. Insgesamt wurden Schweizer Forschungsprojekte mit rund 793 Mio Fr. unterstützt, während die Schweiz das Programm mit 780 Mio Fr. mitfinanzierte. Im März vergab der Forschungsrat 300 neue Förderungsbeiträge. Dabei wurden auch 15 Forschungsvorhaben aus der Schweiz ausgewählt, die in den nächsten Jahren von finanziellen Zuschüssen profitieren können. Im Verhältnis zur Einwohnerzahl und zur Zahl der Forschenden gehört die Schweiz damit zu den Spitzenreitern in Europa [75].

Das nationale Forschungsprojekt „Sesam“ (Swiss Etiological Study of Adjustment and Mental Health) musste 2008 eingestellt werden, da es nicht gelang, eine genügende Anzahl Probandinnen zu finden. Zum Zeitpunkt des Projektabbruchs waren bereits Forschungsgelder in der Höhe von 10 Mio Fr. geflossen. Für das Scheitern des Projekts wurden die Ethikkommission beider Basel (EKBB) und die „Sesam“-Leitung verantwortlich gemacht. Der Bundesrat kritisierte in einer Antwort auf einer Interpellation von Graf (gp, BL) die EKBB und warf ihr vor, die Bewilligung der Pilotstudie so lange verzögert zu haben, dass die Projektleitung schliesslich ohne Pilotstudie mit der eigentlichen Rekrutierung der Probandinnen beginnen musste. Die EKBB reagierte auf diesen Angriff und verwies auf zahlreiche Versäumnisse der Sesam-Leitung. Sie bemängelte insbesondere den grossen Geld- und Zeitverlust bis zur Einleitung der ethischen Prüfung und der Verzicht auf eine Machbarkeitsstudie [76].