Der langjährige Nationalrat der EDU, Christian Waber (BE), trat auf Ende August 2009 zurück. Er kündigte an, zukünftig innerhalb der Partei Aufbauarbeit zu betreiben. Sein Nachfolger ist Andreas Brönnimann, der zuvor im Grossen Rat des Kantons Bern sass. Brönnimann schloss sich der SVP-Fraktion an. Waber hatte fraktionslos politisiert [50].

An ihrer Delegiertenversammlung am 22. August in Thun (BE), lehnte die EDU die IV-Zusatzfinanzierung über die Mehrwertsteuer ab und fasste die Ja-Parole zum Verzicht auf die Einführung der allgemeinen Volksinitiative [51].

Am 17. Oktober fand eine Delegiertenversammlung der EDU in Liestal (BL) statt. An dieser empfahlen die Delegierten die Anti-Minarett-Initiative einstimmig zur Annahme. Zur Vorlage über die Spezialfinanzierung des Luftverkehrs wurde ebenfalls die Ja-Parole beschlossen, abgelehnt wurde dagegen die GSoA-Initiative für ein Verbot von Kriegsmaterialexporten [52].