Zur Anpassung der Bestimmungen über die Strafbehörden des Bundes an die neue schweizerische Strafprozessordnung und zur Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft siehe unten, Teil I, 1c (Gerichte).

In der Fortsetzung der Differenzbereinigung bei der Vereinheitlichung der Jugendstrafprozessordnung war zuerst der Nationalrat an der Reihe. Er lehnte die Möglichkeit des Beizugs einer Vertrauensperson durch den Angeklagten weiterhin ab. Auch bei der Pflichtverteidigung beharrte er darauf, dass diese erst dann eingesetzt wird, wenn eine Freiheitsstrafe von mindestens einem Monat droht und nicht bloss vierzehn Tage. Bei der Frage der Anrechnung einer stationären Beobachtung an eine Freiheitsstrafe übernahm die grosse Kammer den Kompromissvorschlag des Ständerats. Letzterer gab dann in der Frage der Pflichtverteidigung nach, bestätigte aber seinen Entscheid zugunsten des Beizugs einer Vertrauensperson. Die Einigungskonferenz bevorzugte diese Variante. Nachdem der Nationalrat damit einverstanden war, wurde die neue Jugendstrafprozessordnung in der Schlussabstimmung im Ständerat einstimmig und im Nationalrat gegen den geschlossenen Widerstand der SVP verabschiedet [37].