Au mois d'avril, le Conseil fédéral a donné son avis concernant le rapport de la commission de gestion du Conseil national (CdG-CN) de novembre 2008 sur les circonstances de la nomination de Roland Nef au poste de chef de l’armée. Dans son rapport, la CdG-CN avait recommandé au Conseil fédéral de prendre des mesures pour améliorer le processus de sélection des personnes amenées à occuper des postes à très haute responsabilité, de mener une réflexion de fond sur l’implication du Conseil fédéral lors de la procédure de sélection de certaines fonctions sensibles de l’administration fédérale, de mettre en place des ajustements au niveau du déroulement du contrôle de sécurité relatif aux personnes (CSP) et finalement de régler de manière contraignante la situation juridique relative au versement d’indemnités lors d’une cessation d’un commun accord des relations de travail. Dans sa réponse, le Conseil fédéral a refusé de subordonner le service spécialisé du CSP à la Chancellerie fédérale. Il estimait que 90% des CSP se faisaient pour le DDPS et que l'exécution de ces procédures exigeait une très bonne connaissance des domaines concernés. Il a par contre proposé des modifications prenant en compte, totalement ou partiellement, les autres recommandations de la CdG-CN. Il a notamment accepté la recommandation demandant une exécution du CSP avant même la nomination pour les postes à très haute responsabilité et celle posant clairement l'indépendance du service spécialisé CSP  FF, 2009, p. 2989 ss. et 3045 ss. (CF). Voir APS 2008, p. 91..

A la fin du mois de février, le Conseil fédéral a nommé le divisionnaire André Blattmann à la tête de l’armée sur proposition du chef du DDPS, Ueli Maurer. Ce titulaire d’un MBA de 52 ans originaire de Hinwil (ZH) assurait l’intérim au poste de chef de l'armée depuis le départ de Roland Nef. Il a ainsi été promu au grade de commandant de corps. Cette nomination a été jugée surprenante par divers commentateurs car elle s’est faite aux dépens du divisionnaire Hans-Ulrich Solenthaler (62 ans) dont la conception de l’armée se rapprochait fortement de la vision conservatrice du chef du DDPS et de l'UDC  DDPS, Communiqué de presse, 25.2.09; SGT, 7.2.09; presse du 26.2.09..