En mars, une initiative parlementaire Jakob Büchler (pdc, SG) qui avait été adoptée à l'unanimité au Conseil national au mois de décembre 2008 a été approuvée par le Conseil des Etats. Elle propose la prolongation du délai d'assainissement des buttes pare-balles dans les stands de tirs jusqu'à 2012, voire 2020 hors des zones de protection des eaux. Le Conseil des Etats a ainsi suivi le Conseil national malgré une proposition de la majorité de la commission de l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie (CEATE-CN) de ramener le délai de 2020 à 2016 hors des zones de protection des eaux  BO CE, 2009, p. 55 ss. Voir APS 2008, p. 92..

Le Conseil fédéral a présenté son message sur l’acquisition de matériel d’armement (programme d’armement 2009) en février de l’année sous revue. Ce programme « allégé » comporte des crédits d’engagement pour cinq projets pour un montant total de 496 millions de francs, soit en nette diminution par rapport à l’année précédente (-421 millions de francs) et légèrement en dessous du montant de 2007 (-85 millions de francs). Afin de contribuer à combler des lacunes concernant les capacités de l’armée, le programme prévoit l’acquisition d’un système militaire de guidage d’approche (296 millions), de véhicules sanitaires légers (47 millions), de plates-formes de simulation pour l’engagement en zone urbaine (123 millions), de simulateurs de tirs pour charge directionnelle et mitrailleuse légère (13 millions) et la modernisation des installations d’instruction à la conduite et d’entraînement des automobilistes (17 millions). Selon le Conseil fédéral, 167 millions seraient directement injectés dans l’industrie suisse et 275 millions le seraient indirectement pour correspondre au total à 89% des crédits engagés.

Au Conseil national, l’entrée en matière a suscité l'opposition d'une minorité Geri Müller (pe, AG) qui a estimé que la conjoncture économique n’était pas favorable à ce type d’investissement et qui a remis en question le bien-fondé de ces acquisitions avant même la finalisation du nouveau rapport sur la sécurité. Soutenue par les groupes PBD, PDC, PLR et UDC, l’entrée en matière sur le programme d’armement 2009 a été acceptée par 144 voix contre 39. Lors de la discussion par article, le programme a été contesté par les groupes socialiste et écologiste. Ces derniers ont rappelé que selon le rapport du contrôle fédéral des finances, les retombées économiques des affaires compensatoires liées aux achats de matériel d’armement à l’étranger ne se montaient qu’à 40% des investissements consentis depuis 1995. De la sorte, ils estimaient que la projection du Conseil fédéral de retour de 89% des investissements pour des entreprises suisses n’était pas réaliste. Ils ont également fait part de leur crainte de voir dans l'importante chute des coûts du programme 2009 une anticipation aux coûts de remplacements des F-5 Tiger en 2010. Par ailleurs, ils ont estimé que la plate-forme de simulation prédisposait un engagement militaire à l’étranger et n’entrait pas dans le cadre des prérogatives défensives de l’armée en Suisse. Les socialistes et les écologistes ont donc proposé de supprimer le volet concernant les plates-formes de simulation pour l’engagement en zone urbaine. Cette proposition a été rejetée par 122 voix contre 58. Au vote sur l’ensemble, le programme d’armement a été approuvé par 122 voix contre 55. Au Conseil des Etats, l’entrée en matière n’a pas suscité d’opposition. Comme au Conseil national, le débat s’est focalisé sur la définition des orientations futures de l’armée et sur l’incertitude entourant les conséquences du programme sur l’économie du pays sans cependant rencontrer de véritable opposition. Au vote d’ensemble, le programme d’armement 2009 a été accepté à 32 voix contre 1  FF, 2009, p. 6171 ss.; BO CN, 2009, p. 1101 ss.; BO CE, 2009, p. 793 ss.; Lib. et NZZ, 19.2.09..

A la fin du mois de février, l’initiative « Pour la protection face à la violence des armes » a été déposée avec 106 037 signatures valables. Les objectifs de l’initiative sont de rendre obligatoire le dépôt de l’arme d’ordonnance dans les arsenaux militaires, de supprimer la possibilité d'acheter l'arme d'ordonnance en fin de service, de mettre en place un registre national des armes à feux et de rendre obligatoire l’obtention d’un permis pour les chasseurs et les amateurs de tirs sportifs [29].

En réaction au dépôt de cette initiative, le Conseil fédéral a demandé des optimisations afin d’augmenter la sécurité en ce qui concerne les armes d’ordonnance et le DDPS a lancé une consultation des directeurs cantonaux de la police et des affaires militaires ainsi que de la Fédération sportive suisse de tir. En avril, l’armée a décidé de retirer l’arme d’ordonnance à une centaine de militaires en raison de risques d’abus. Cette procédure fait notamment suite à l’assassinat d’une personne à un arrêt de bus à Zürich par un militaire en congé fin 2007. En août, Ueli Maurer a présenté des projets d'ordonnance en vue de prévenir les abus par des mesures militaires et civiles. Ainsi, il projette de donner la possibilité aux militaires de déposer volontairement leur arme d’ordonnance dans les arsenaux cantonaux dès 2010 et d'octroyer la compétence à l'armée de retirer l’arme à titre préventif à un soldat qui montre des signes de dangerosité. Il a proposé également d'obliger les autorités civiles, les médecins, les psychologues et les psychiatres civils à signaler à l’armée les cas potentiellement dangereux et de soumettre l’acquisition de l’arme d’ordonnance après les obligations militaires à un permis d’acquisition d’arme comme toute arme civile. Par ailleurs, le DDPS a proposé dans la révision de la LAAM (voir supra) de donner la possibilité à l'armée d'avoir accès au casier judiciaire afin de permettre des contrôles de sécurité relatif aux personnes (CSP). A la fin de l’année le Conseil fédéral a publié son message concernant l’initiative « Pour la protection face à la violence des armes » en recommandant de la rejeter [30].

Au mois de mars, le Conseil national a rejeté par 99 voix contre 82 une initiative parlementaire Galladé (ps, ZH) qui allait dans le même sens que l'initiative populaire relative aux armes d’ordonnances (voir supra). Les membres de la courte majorité ont estimé ne pas vouloir remettre en cause le geste de confiance vers les soldats de milice. Il leur semblait plus adéquat de mettre en place un examen renforcé des recrues en amont et de faciliter le dépôt de l’arme dans un arsenal. Parallèlement, une motion Lang (pe, ZG) demandant la mise en place d'un registre national des armes a été acceptée par le Conseil national par 92 voix contre 90. Elle a été soutenue par les socialistes et les écologistes ainsi que par une majorité du PDC. La motion a toutefois été rejetée par le Conseil des Etats. Ce dernier a estimé que les registres cantonaux qui étaient exigés par l’entrée dans l’espace Schengen suffisaient [31].

Au 31 novembre de l'année sous revue, seules 197 000 des 257 000 munitions de poche qui devaient être retournées l’ont été effectivement. Cette mesure avait été adoptée par le Conseil fédéral suite à une proposition du parlement en 2008 [32].

En mars, le Conseil fédéral a décidé de reporter au programme d'armement 2011 la décision concernant le choix du nouvel avion de combat destiné à remplacer la flotte de F-5 Tiger. Ce report était dû à l'attente du nouveau rapport sur la politique de sécurité qui devait permettre de justifier la pertinence de ce nouvel achat, au lancement l’année précédente de l'initiative du GSsA qui demandait un moratoire de dix ans sur l'achat de nouveaux avions de combat et à la situation économique du moment qui remettait en question la pertinence de telles dépenses [33].

En juin, le GSsA a déposé son initiative « Contre de nouveaux avions de combat » munie de 107 828 signatures valables. Elle prévoit l’impossibilité d’acquérir de nouveaux avions de combats du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2019. Ses auteurs ont estimé que le peuple devait pouvoir décider des acquisitions de cette ampleur. Ils souhaitaient également éviter de fixer des priorités financières erronées et de réaliser un projet jugé absurde sur le plan de la politique de sécurité. En août déjà, le Conseil fédéral a publié son message pour s’opposer à cette initiative. Il a estimé que l’acceptation de celle-ci restreindrait considérablement et durablement la liberté d’action en matière de politique de sécurité et que l’engagement des avions de combat n’était pas seulement un moyen de défense contre une menace militaire mais également un outil de police aérienne indispensable à la sécurité quotidienne de la Suisse. Au vu du projet de remplacement des F-5 Tiger, le Conseil fédéral a demandé un traitement rapide de l’initiative par l’Assemblée fédérale  FF, 2009, p. 4557 s. (aboutissement) et 5373 ss. (CF). Voir APS 2008, p. 91 s..

En octobre, les nouveaux calculs des prix ont montré une augmentation des coûts pour le remplacement des 54 F-5 Tiger. Les 2,2 milliards de francs prévus pour l'achat de 22 nouveaux avions de combat ne suffisaient pas. Le président de la sous-commission de remplacement des F-5 Tiger du Conseil national, Thomas Hurter (udc, SZ), a alors proposé d’acheter entre 8 et 12 avions lors du prochain programme d’armement et de repousser les autres tranches d’acquisition de 5 ou 10 ans. Initialement, les forces aériennes suisses avaient demandé 33 avions pour garantir leur mission. Parallèlement, des fuites dans la presse ont révélé que le chef du DDPS a proposé au Conseil fédéral d’abandonner l’achat de nouveaux avions de combat ou du moins de repousser leur achat. En réaction à cette proposition, la CPS-CN a recommandé au Conseil fédéral de ne pas abandonner l’idée de remplacement et au contraire de terminer l’évaluation en cours des avions en attendant le rapport sur la politique de sécurité. Le Conseil fédéral a réagit à ces fuites en soustrayant l’élaboration du rapport sur la politique de sécurité au seul DDPS (voir supra) [35].

En novembre de l’année sous revue, l'initiative « Pour l'interdiction de l'exportation de matériel de guerre » a été refusée par le peuple. La campagne et les résultats sont traités dans la partie I, 2 (Politique économique extérieure) [36].