Le Conseil national a adopté, par 118 voix contre 53, une motion de sa CEATE-CN, combattue par Bastien Girod (pe, ZH), qui demandait au gouvernement de veiller, par une révision des textes de loi idoines, à ce que les dommages causés aux engins de pêche des pêcheurs professionnels par des cormorans issus de colonies situées dans des zones protégées, fassent l'objet d'une indemnisation par la Confédération et les cantons. La motion demandait également une régulation de la population de ces oiseaux piscivores dans certaines zones protégées, ainsi que le raccourcissement de la période de protection du 1er mars au 31 août [41].

Le Conseil des Etats a examiné la motion Aeschbacher (pep, ZH), acceptée par le Conseil national en 2008, qui demandait l’interdiction de l’importation et du commerce de produits issus de la chasse aux phoques au Canada. Afin de tenir compte de l’adoption, dans l'intervalle, par le Parlement européen d’un règlement interdisant, à de rares exceptions près, le commerce des produits dérivés du phoque dans, vers et à partir de l'UE, la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil des Etats a soumis conjointement aux députés une nouvelle motion proposant de traiter d’une part de la chasse aux phoques de façon générale et de ne pas s'en tenir exclusivement à celle qui est pratiquée au Canada, et, d'autre part, de réglementer (et non pas interdire totalement) l’importation de ces produits en exigeant que seuls soient mis sur le marché des produits provenant d'animaux dont la mise à mort a été contrôlée. Suivant les propositions de leur commission, les députés ont adopté cette dernière motion par 23 voix contre 8, et rejeté la motion Aeschbacher [42].

Les chambres ont également adopté une motion Moser (Verts libéraux, ZH), qui demandait au Conseil fédéral d’introduire des modifications législatives de sorte à instaurer une obligation de déclaration pour les fourrures et les produits qui en sont issus. La motionnaire voulait que, grâce à cette déclaration obligatoire, les consommateurs puissent disposer d'informations claires sur le mode d'élevage, l'origine et l'espèce animale [43].

Au mois d’octobre, le Tribunal fédéral a rejeté un recours commun à l’encontre de la décision d’interdire deux expérimentations impliquant des macaques à l’Institut de neuroinformatique commun à l’EPFZ et l’Université de Zurich. Ces expériences, qui existaient jusqu’en 2006 avant d’être remises en question par la Commission de protection des animaux, ne pourront ainsi désormais plus être relancées [44].

Suite à des massacres de troupeaux de moutons par une meute de loups dans le val d’Illiez (VS) et par un loup seul dans la région d’Entlebuch (LU), les autorités des deux cantons ont délivré des autorisations de tir. Peu après, le WWF et Pro Natura ont déposé des recours à l’encontre de ces décisions, estimant que celles-ci portaient atteinte aux droits national et international, que les troupeaux attaqués n’étaient, dans la plupart des cas, pas protégés de manière efficace, et que l’autorisation de tir avait été délivrée de manière peu transparente. Ces associations réclamaient en outre que les recours en la matière soient assortis à l’avenir d’un effet suspensif sur les autorisations de tir.

Les réactions politiques n’ont pas tardé et trois interventions parlementaires, pas encore traitées par le parlement, ont été déposées dans la foulée : une motion Freysinger (udc, VS), qui demande que la Suisse dénonce la Convention de Berne protégeant le loup, une motion Schmidt (pdc, VS), qui charge le gouvernement d'adresser une demande au Conseil de l'Europe pour que le loup passe de la liste des "espèces de faune strictement protégées" (tel que spécifié dans la Convention de Berne), à celle des "espèces de faune protégées", et une motion Lustenberger (pdc, LU), qui préconise une adaptation des dispositions régissant la régulation du loup au travers d’une modification de l'ordonnance sur la chasse. Dans sa prise de position, le Conseil fédéral a préconisé le rejet de la motion Freysinger et l’acceptation des deux autres motions. Il s’est ainsi déclaré favorable à une rétrogradation du loup du statut d' « espèce de faune strictement protégée » à celui d' « espèce de faune protégée ». Le Conseil fédéral a par conséquent proposé que la délégation suisse aborde le sujet du loup et de son statut de protection en Europe dans le cadre de la nouvelle plate-forme « Grands prédateurs », créée sous l'égide de la Convention alpine, et soutienne une proposition commune des pays alpins visant à faire modifier le statut de protection auprès du Comité permanent de la Convention de Berne à Strasbourg [45].

Les chambres ont traité de l’initiative populaire lancée par la Protection suisse des animaux (PSA) et intitulée « Contre les mauvais traitements envers les animaux et pour une meilleure protection juridique de ces derniers (initiative pour l’institution d’un avocat de la protection des animaux) » au cours de l’année sous revue.

Au Conseil national, l’initiative a été soutenue par le groupe socialiste et le groupe des Verts. L’un comme l’autre ont souligné certaines lacunes, ainsi que des divergences entre les cantons concernant l’exécution de la loi sur la protection des animaux. Regrettant en outre qu’aucun contre-projet indirect n’ait été élaboré, les Verts, ainsi que quelques membres du groupe démocrate-chrétien, se sont prononcés en faveur de l’initiative pour cette raison. Au nom du groupe bourgeois démocratique, Brigitta Gadient (GR) a souligné que l’obligation d’instituer un avocat de la protection des animaux constituerait une ingérence inutile dans la liberté d’organisation des cantons. D’après elle, les nouveaux instruments juridiques du code de procédure pénale seront suffisants et permettront de poursuivre efficacement les infractions de ce type. Un certain nombre d’agriculteurs se sont également opposés à l’institution d’un avocat de la protection des animaux, voyant là un manque de confiance à l’égard de leur profession. Ils estimaient par ailleurs qu’un tel avocat serait impuissant face aux rares cas de mauvais traitements envers les animaux qui sont commis dans des exploitations agricoles. En charge du dossier, la conseillère fédérale Doris Leuthard a évoqué elle aussi le nouveau code de procédure pénale, qui entrera en vigueur en 2011, soulignant que celui-ci prévoyait en effet la possibilité pour les cantons d’instituer un défenseur public des animaux. Elle a ajouté que la loi sur la protection des animaux obligeait déjà tous les cantons à instituer un service spécialisé dans la protection des animaux chargé de garantir le respect des droits de l’animal. A l’opposé, Tiana Moser (Verts libéraux, ZH), qui s’exprimait au nom d’une minorité de la commission, a proposé de recommander au peuple d’accepter l’initiative, jugeant que l’institution d’un tel avocat ne constituait pas un durcissement de la loi sur la protection des animaux : il contribuerait plutôt à améliorer l’exécution du droit en vigueur et pourrait veiller à la prise de sanctions plus strictes en cas d’infractions. Soutenue presque uniquement par les Verts et le PS, le plénum a rejeté l’initiative en question et décidé de recommander au peuple d’en faire autant.

Au Conseil des Etats, le rapporteur de la commission, Hermann Bürgi (udc, TG), a proposé le rejet de l’initiative. Seule voix divergente de la commission, la socialiste Anita Fetz (BS) a soutenu l’initiative en question, estimant que, malgré le renforcement des sanctions pénales en cas d’infraction à la loi sur la protection des animaux, l’application de cette dernière était encore loin d’être effective, de nombreux cas de mauvais traitements ne faisant l’objet d’aucune condamnation, car les autorités n’ont pas le temps de prendre les mesures qui s’imposent. Rare partisan de l’initiative au sein de son groupe, le démocrate du centre This Jenny (GL) a repris ces arguments et déploré que les cantons ne fassent malheureusement pas usage de leur droit à instituer un avocat des animaux. Choqué par certains mauvais traitements infligés aux animaux, il a ajouté que le fait qu’autant de propriétaires d’animaux s’opposent avec autant de véhémence à cette initiative était précisément le signe qu’un réel problème existe. Malgré ces arguments, le plénum a adhéré à la décision du Conseil national. En vote final, le Conseil national a confirmé sa décision par 130 voix contre 50 et le Conseil des Etats par 30 voix contre 6 [46].

En lien avec cette initiative, le Conseil national avait examiné en début d’année, et préalablement aux débats ci-dessus, une initiative parlementaire de sa Commission de la science, de l’éducation et de la culture, qui faisait office de contre-projet indirect, la majorité des membres de la commission estimant que l’initiative populaire en question ne constituait pas le meilleur moyen de défendre les intérêts des animaux lésés. Selon la CSEC-CN, ce contre-projet indirect, qui permettait à la Confédération de charger les cantons de mettre en place une autorité qui défende en justice les intérêts des animaux lésés, proposait des solutions équilibrées au niveau législatif (modifications dans la loi fédérale sur la protection des animaux) et permettait d'harmoniser au mieux les dispositions du droit cantonal en la matière. Au plénum, le rapporteur de la commission, le socialiste Jean-François Steiert (FR), avait souligné que, par rapport au projet des initiants, ce contre-projet au niveau légal donnait notamment une plus grande autonomie aux cantons dans la mise en oeuvre des intentions politiques poursuivies et respectait mieux le fédéralisme. Le plénum a finalement suivi l’avis de la minorité de la commission et rejeté ce contre-projet par 91 voix contre 64 (Verts et socialistes) [47].

Malgré l’avis contraire du Conseil fédéral, le Conseil national a adopté, par 133 voix contre 50, une motion von Siebenthal (udc, BE), qui demandait l’adaptation des dispositions régissant les éthoprogrammes (sortie régulière des animaux en plein air). Citant des cas pratiques où la législation en vigueur semblait trouver ses limites, le député demandait concrètement au gouvernement d’adapter aux possibilités pratiques effectives la période pendant laquelle les animaux doivent pouvoir pâturer. Le plénum a également adopté, par 119 voix contre 71, une seconde motion du même auteur, quasi identique à la précédente, mais qui demandait que les conditions applicables au programme SST (systèmes de stabulation particulièrement respectueux des animaux) tiennent suffisamment compte des exploitations comprenant des pâturages d'estivage (exploitations comptant trois étapes d'estivage) [48].

Le Conseil national s’est attaqué durant l’année sous revue à l’examen de l’initiative parlementaire Kohler (pdc, JU) visant à interdire les pitbulls en Suisse. Suite aux travaux de la commission compétente, de sa sous-commission spécialement instituée pour élaborer les bases d’une législation nationale et de la procédure de consultation menée, deux projets ont été soumis conjointement aux députés, afin de concrétiser cette initiative parlementaire : une modification de la Constitution fédérale qui attribue à la Confédération la compétence de légiférer dans le domaine (projet 1) et une révision de la loi sur les chiens (projet 2).

Les mesures proposées s’appuient sur les nouvelles dispositions de la loi fédérale sur la protection des animaux et de son ordonnance d’application, toutes deux entrées en vigueur le 1er septembre 2008. Point central, la commission a renoncé à interdire la détention de chiens dangereux ou potentiellement dangereux, privilégiant d’autres instruments : mesures visant à prévenir des accidents par morsure, consignes en matière de socialisation et d’éducation des chiens, formation et formation continue des détenteurs, et règles claires applicables aux chiens soumis à des exigences particulières ou utilisés à des fins particulières (par exemple l’interdiction du dressage au mordant). Le projet présenté règle également la question de la responsabilité civile : tous les détenteurs de chiens doivent désormais conclure une assurance ad hoc. Il prévoit en outre que soient édictées des dispositions pénales relatives à l’élevage, à l’importation et à la détention de chiens dangereux. Enfin, il laisse aux cantons la possibilité d’arrêter des règles plus sévères.

Au plénum, le rapporteur de la sous-commission, le valaisan Oskar Freysinger (udc), a présenté cette loi comme « pragmatique et libérale » et a invité les députés à suivre la position de la commission et voter l’entrée en matière. Une minorité de la commission emmenée par Ruedi Noser (plr, ZH) a proposé, quant à elle, de ne pas entrer en matière sur les deux projets, les jugeant « démesuré, redondant » et faisant naître de « fausses attentes ». Au vote, les députés ont accepté l’entrée en matière sur le projet 1 par 102 voix contre 72, et par 98 voix contre 68 sur le projet 2. Lors de la discussion par article, les députés se sont prononcés sur 13 propositions d’amendement, dont dix émanaient du seul Roland Borer (udc, SO). De tous les amendements proposés, auxquels la commission s’opposait d’ailleurs, douze ont été rejetés à de larges majorités par le plénum. Le seul amendement adopté – par 95 voix contre 65 – a été celui du député bernois Norbert Hochreutener (pdc), qui demandait que l’assurance responsabilité civile que devra conclure tout détenteur de chien prévoira une couverture d’un million de francs (éventuellement de deux millions) au minimum. Au vote sur l’ensemble, les députés ont adopté le projet par 97 voix contre 72, une large majorité de l’UDC et du PLR s’y opposant en vain [49].

Au niveau cantonal, le canton de Zurich a pris la décision d’interdire huit races de chiens dangereux  [50].

Le Plan Ours Suisse, en vigueur depuis 2006, a été mis à jour et complété avec des annexes supplémentaires par l'Office fédéral de l'environnement au mois de juillet. L’OFEV a pris en compte les expériences de ces dernières années. Les nouvelles annexes définissent comment répertorier et analyser le comportement des ours, en particulier celui des ours problématiques. Les règles de cohabitation avec l'ours ont également été complétées et précisées, avec une attention particulière à la gestion des déchets dans les régions à ours [51].