L’Union maraîchère suisse (UMS) a estimé que la présence dans certains légumes du marché européen de la bactérie Escherichia Coli a engendré des pertes en Suisse. Les maraîchers helvétiques ont notamment constaté une baisse de 20% des ventes de concombres, l’un des produits phares avec la tomate, par rapport au volume des années précédentes. L’UMS a évalué les pertes pour les producteurs helvétiques à 6,6 millions de francs en quatre semaines. Après avoir annoncé la fin des mesures extraordinaires, l’OFAG s’est montré ouvert à envisager une indemnisation pour les producteurs de la branche en s’appuyant sur la loi sur l’agriculture qui autorise une aide financière en cas d’évolution extraordinaire afin d’éviter l’écroulement du prix d’un produit agricole. Le Conseil fédéral est donc entré en matière sur un montant de 2,9 millions de francs, soit 50% des pertes estimées valables [32].

En octobre, la Cour de justice de l’UE a publié un arrêt autorisant les ressortissants helvétiques à exploiter des terres agricoles se situant sur le territoire européen. Le cas d’un agriculteur suisse bénéficiant d’un contrat de fermage afin d’exploiter des terrains allemands dans l’objectif d’en vendre la production en Suisse a rencontré l’opposition de la sous-préfecture locale de Waldshut. Cette dernière a estimé que même si les agriculteurs suisses et allemands bénéficient de l’égalité de traitement en vertu des accords de libre circulation, la pratique de l’agriculteur crée des entorses à la concurrence car il peut écouler en Suisse la marchandise produite en Allemagne en franchise de droit de douane. La Cour de justice a estimé au contraire que le principe de l’égalité de traitement ne permet pas à la sous-préfecture de s’opposer au bail rural concerné [33].

Malgré les conditions strictes d’utilisation de la streptomycine contre le feu bactérien, des résidus d’antibiotiques ont été découverts dans la récolte des apiculteurs. Le canton de Thurgovie est particulièrement touché avec 7,5 tonnes de miel contaminé contre 120 kilos en 2010 [34].

L’EPFZ et la station de recherche Agroscope Reckenholz-Tänikon ont constaté, dans le cadre du PNR 59 visant à analyser l’utilité et les risques de la dissémination des plantes génétiquement modifiées, que les cultures OGM sont coûteuses et que leur rentabilité est pour le moins relative. L’EPFZ estime ainsi qu’un franc dépensé pour la recherche coûte 1,26 francs pour des mesures de sécurisation des sites. Ainsi, les surcoûts induits dans des mesures évitant la contamination des cultures conventionnelles voisines ne sont pas toujours compensés par la productivité des OGM [35].