Im März des Berichtjahres unterbreitete der Bundesrat dem Parlament die Botschaft zu den Bundesbeschlüssen über die Leistungsvereinbarung zwischen dem Bund und der SBB für die Jahre 2013-2016, über den Zahlungsrahmen der Finanzierung der Infrastruktur der SBB und über die Finanzierung der Infrastruktur der schweizerischen Privatbahnen für denselben Zeitraum. Die Leistungsvereinbarungen mit den Privatbahnen werden neu statt für zwei für vier Jahre abgeschlossen. Der Bund stellte für den Ausgleich von ungedeckten Kosten in Betrieb und Unterhalt der Eisenbahninfrastruktur sowie zur Finanzierung von Investitionen für die Jahre 2013-2016 insgesamt 9,449 Mia. CHF bereit (SBB: 6,624 Mia.; Privatbahnen: 2,825 Mia.). Der Bund kompensiert die Aufstockung der Beträge durch eine Reduktion der Speisung des FinöV-Fonds um 650 Mio. CHF. Die Zielsetzungen für die Eisenbahninfrastruktur 2013-2016 bleibt im Wesentlichen gleich, sie umfasst die Gewährleistung eines hohen Sicherheitsniveaus und der Leistungsfähigkeit des Netzes, eine optimale Nutzung der vorhandenen Kapazitäten, eine Verbesserung der Interoperabilität sowie eine Erhöhung der Produktivität. Die Bundesbeschlüsse waren im Parlament unumstritten: Sie wurden im Ständerat im Juni und im Nationalrat im September des Berichtjahres ohne Gegenstimme gutgeheissen. Verschiedentlich wurde festgehalten, dass die Einstimmigkeit mit dem Wechsel zur FABI wohl ein Ende finden werde [34].

Mitte Juni des Berichtjahres kündigten die SBB einen Wechsel im Verwaltungsrat an: Christiane Brunner und Bernd Malmström traten aus dem Verwaltungsrat aus, als Nachfolger von Brunner wurde der langjährige Nationalrat und Verkehrspolitiker Andrea Hämmerle gewählt. Für Malmström wurde keine Nachfolge bestellt, der Verwaltungsrat der SBB kehrte damit zu seinem Regelbestand von neun Personen zurück [35].

Die bereits vor Ostern durchgeführte Kampagne gegen Taschendiebstähle im Zug wurde auch vor Weihnachten 2012 wieder aufgenommen. Auf den Strecken Basel-Interlaken, Basel-Chur, Basel-Luzern sowie Basel-Mannheim informierten gemischte Patrouillen der Transportpolizei der SBB und der deutschen Bundespolizei die Fahrgäste über die Tricks von Taschendieben und über einfache Vorsichtsmassnahmen. Die Zunahme von Diebstählen und Gewalt in Zügen wurde im Berichtsjahr von den Medien thematisiert. Im ersten Halbjahr 2012 habe die Gewalt gegen SBB-Personal um 20%, jene gegen andere Bahnkunden um 93% zugenommen. Diebstähle seien um 60% häufiger vorgekommen als im Vorjahr. Die SBB mahnte jedoch zur vorsichtigen Verwendung dieser Zahlen, da die Einstufung von Vorfällen zuweilen schwierig sei [36].

Mit dem Fahrplanwechsel am 9. Dezember hat die SBB ihr Angebot ausgebaut: RegioExpress-Züge zwischen Genf und Lausanne fahren fortan im Halbstundentakt und alternierend nach Vevey oder nach Palézieux-Romont. Das Sitzplatzangebot hat auf dieser Strecke damit um 33 Prozent zugenommen, 13 neue Doppelstockzüge sind im Einsatz. Eine weitere bedeutende Neuerung ist der Halbstundentakt zwischen Zürich und Schaffhausen. Dieser wird mit einem neuen RegioExpress erreicht, welcher die bestehenden InterCity- und InterRegio-Verbindungen ergänzt. Im internationalen Personenverkehr baute die SBB ihr Angebot ebenfalls aus: Auf Verbindungen zwischen Zürich und Österreich ist seit Fahrplanwechsel ein sechstes Paar Railjets unterwegs. Die Reisezeit von Zürich nach Wien verkürzt sich um 20 Minuten. Die TGV Lyria, Tochtergesellschaft der französischen Staatsbahn und der SBB, baute ihre Verbindungen zwischen Frankreich und der Schweiz ebenfalls aus: Die TGV-Verbindung Paris-Bern wird bis Interlaken Ost weitergeführt. Auch das Angebot im Regionalverkehr wurde vergrössert, mit einzelnen zusätzlichen Zügen, neuem Rollmaterial und neuen Haltestellen. Zudem hat die SBB die Benutzerfreundlichkeit der Billettautomaten erhöht und die SBB Applikation für Mobiltelefone verbessert. 70 Prozent der verkauften Billetts werden von den Kunden am Automaten oder via App in Selbstbedienung gekauft [37].

Nachdem bekannt worden war, dass sich die Firma Apple unrechtmässig der Bahnhofsuhr bediente, indem sie diese ohne Absprache mit der SBB auf ihren Geräten iPad und iPhone verwendet hatte, wurde im Oktober eine Lizenzvereinbarung unterzeichnet. Über die Höhe der Lizenzgebühr und die weiteren Einzelheiten der Regelung wurden keine Auskünfte erteilt, Medien schrieben aber von rund 20 Mio. CHF [38].

Per 1. Mai 2013 soll das Personal der SBB individuelle Lohnerhöhungen im Umfang von insgesamt 0.75 Prozent der Lohnsumme erhalten. Zwei Drittel der Lohnerhöhungen fliessen in die individuelle Lohnentwicklung, ein Drittel dient als Bonus, um gute Leistungen der Mitarbeitenden zu honorieren. Die Gewerkschaften verzichteten darauf, gegen dieses Lohnangebot vorzugehen [39].

Im März 2013 teilten die SBB ihre Betriebszahlen für 2012 mit. Die Anzahl beförderter Passagiere nahm von 977 000 pro Tag (2011) auf 967 000 pro Tag ab. Die Anzahl Personenkilometer sank von 17,75 Mia. (2011) auf 17,54 Mia. (2012). Die SBB begründeten den Rückgang mit dem schwierigen Umfeld: Schwächere Konjunktur, hoher Frankenkurs, rückläufige Nachfrage im Tourismussektor. Vor allem der Freizeit- und Tourismusverkehr nahm ab, während der Pendlerverkehr weiter wuchs. Der Rückgang der Personenkilometer im nationalen Fernverkehr konnte von den gesteigerten Personenkilometern im Nahverkehr nicht aufgefangen werden. Im Güterverkehr resultierte erneut ein Betriebsverlust. Dieser ist auf die europaweite Schwäche der Konjunktur zurückzuführen sowie auf den Abbau industrieller Kapazitäten in der Schweizer Papier- und Metallindustrie. Die dreimalige Sperrung der Gotthardachse wegen Felsstürzen bei Gurtnellen verschlechterte das Ergebnis zusätzlich. SBB Cargo blieb mit 12,13 Mia. Nettotonnenkilometern 1,7% unter den Vorjahreszahlen. Das Konzernergebnis 2012 betrug 422,5 Mio. CHF und lag damit deutlich über dem letztjährigen (2011: 338,7 Mio. CHF). Bereinigt um Einmaleffekte und Rückstellungsauflösungen fiel das Ergebnis nur leicht besser aus als im Vorjahr. Dank höherer Billettpreise stieg das Ergebnis im Personenverkehr von 213,9 Mio. CHF (2011) auf 268,9 Mio. CHF (2012). Im Güterverkehr wuchs das Defizit von 45,9 Mio. CHF (2011) auf 51,2 Mio. CHF (2012). Im Immobiliensegment konnte das Ergebnis erneut gesteigert werden (auf 192,4 Mio. CHF, 2011: 182,5 Mio. CHF). Da Trassen- und Energiepreise weiter steigen werden und noch Nachholbedarf im Unterhalt der Infrastruktur besteht, wird der Produktivitäts- und Effizienzdruck auf die SBB in den nächsten Jahren wohl weiter zunehmen [40].

Die SBB Cargo bediente ab dem Fahrplanwechsel im Dezember 2012 nur noch drei Viertel der bisher benutzten Bahnhöfe. An 128 Bahnhöfen werden keine Güterwagen mehr abgeholt oder zugestellt, betroffen sind aber nur Bahnhöfe mit einer Frequenz von weniger als einem Wagen pro Tag. Die SBB Cargo versucht seit Jahren, schwarze Zahlen zu schreiben [41].