En 2012, les différents blocages dans le dossier bilatéral avaient amené la Suisse à présenter une liste de propositions à la Commission européenne afin de régler le fameux casse-tête institutionnel. Pour rappel, la question institutionnelle fait référence aux difficultés helvético-européennes à trouver une réponse aux quatre points suivants : le mécanisme de reprise du droit européen par la Suisse, l’interprétation du droit communautaire, la surveillance des accords et les règles à définir en cas de litige. Une partie des difficultés à résoudre ces problèmes découle notamment du refus de la Suisse de se soumettre à une juridiction extérieure et d’accepter la reprise automatique du droit européen. Les propositions suisses devaient donc amener des solutions afin de régler les questions institutionnelles qui empêchent notamment le développement d’accords sectoriels, tels l’accord sur l’électricité ou l’accord sur l’énergie. La Suisse a notamment proposé de créer une autorité nationale indépendante pour contrôler l’application des règles du marché unique, mais le président de la Commission européenne, Manuel Barroso, a annoncé dans une lettre adressée à la Confédération que l’UE refuserait de suivre cette piste, un refus cependant dédramatisé par l’Union elle-même qui a réaffirmé vouloir continuer le dialogue afin de trouver une solution bénéfique pour les deux parties. La réponse de Bruxelles a été suivie d’une visite à Bruxelles du secrétaire d’Etat suisse aux affaires étrangères, Yves Rossier. Ce voyage a été l’occasion de discuter de nouvelles pistes pour sortir du casse-tête institutionnel. Au terme de cette visite, la proposition suisse d’instaurer un organe de surveillance national a semblé définitivement enterrée et l’Europe a réaffirmé que tout accès au marché unique dépendrait de la résolution des questions institutionnelles. Pour ce faire, Yves Rossier a rencontré le directeur général administratif du service européen d’action extérieure David O’Sullivan dans le courant du mois de mars. Alors que le différend institutionnel semblait insurmontable, les deux parties ont annoncé la remise à leurs autorités respectives d’un rapport commun esquissant trois solutions au terme de leur rencontre. Premièrement, les négociateurs proposent que la Suisse reconnaisse les institutions de l’Espace économique européen (EEE). La deuxième piste porte sur la création de nouvelles institutions. Cependant, ces deux premières options créeraient un déséquilibre défavorable à la Suisse, puisque l’Union ne reconnaît que les décisions de la Cour de justice de l’UE. La troisième solution propose le maintien des comités mixtes et autorise les parties à s’adresser à la Cour de justice de l’UE pour répondre aux questions d’interprétation du droit. En juin, le gouvernement a officiellement annoncé vouloir ouvrir les négociations avec l’Union Européenne pour rénover la voie bilatérale. Pour définir le mandat de négociation, il s’est basé sur le document préparé par les deux négociateurs et a annoncé vouloir suivre la voie suivante dans le domaine institutionnel: un maintien des comités mixtes, tout en permettant à la Cour de Justice de l’UE de délivrer un avis en cas de litige, mais cet avis n’aurait pas de force exécutive. Concernant la reprise automatique du droit européen, le Conseil fédéral a proposé que la reprise se fasse de manière dynamique, soit rapide, mais en permettant de respecter le principe du référendum populaire. Le Conseil fédéral a également rappelé que le mandat de négociation comprendrait des « lignes rouges », soit des limites à ne pas franchir. Parmi ces lignes rouges, on compte le refus de la reprise automatique du droit européen, de la directive sur la citoyenneté européenne ou sur les travailleurs détachés et le refus de limiter les mesures d’accompagnement ou d’élargir le champ d’application des accords. L’UDC a immédiatement qualifié ce mandat de « colonial » et a annoncé qu’elle mènerait une campagne d’information pour dénoncer cet avancement dans les relations helvético-européennes. La campagne UDC a fait couler de l’encre suite à la comparaison de la situation actuelle avec celle de la période nazie: « Durant la période nazie, nous avions un ennemi à l’extérieur, aujourd’hui il est à l’intérieur ». La proposition du Conseil fédéral a cependant trouvé un écho positif chez son principal destinataire, puisque la Commission européenne a annoncé être prête à négocier sur cette troisième option. Mais ceci était sans compter sur la polémique des « juges étrangers » qui a rapidement enflé en Suisse. Plusieurs critiques se sont élevées contre l’incursion des « juges étrangers » sur le territoire suisse: en reconnaissant l’autorité de la Cour de Justice de l’UE, le Conseil fédéral a été accusé d’abandonner la législation suisse aux mains des juges européens. Un groupe de quinze professeurs de droit a également critiqué le fait que l’option de la Cour de l’AELE n’ait pas été plus étudiée par le gouvernement. Les doutes des syndicats se sont eux portés sur la jurisprudence de la Cour de Justice. Les représentants des travailleurs se sont basés sur plusieurs arrêts rendus par ladite Cour, des arrêts tranchant en grande majorité en faveur du libre marché et au détriment de la protection des travailleurs. Au niveau des partis, le mandat n’a pas soulevé un immense enthousiasme, sans pour autant, à l’exception de l’UDC et de quelques membres du PDC, être confronté à d’amères critiques. Les critiques ont plutôt été dirigées vers Didier Burkhalter qui s’est vu traité de « ministre de l’abandon » poussant la Suisse à « se plier devant les juges étrangers » par Christophe Darbellay lors de son discours du 1er août. Ces attaques n’ont pas déstabilisé le ministre qui a reçu un soutien unanime de la CPE-CE (10 voix contre 0, moins 2 abstentions). Quelques jours plus tard, la CPE-CN a suivi cette décision par 14 voix contre 6 et 2 abstentions. Les voix dissidentes se sont retrouvées uniquement à l’UDC, ce qui a indiqué un changement de position du PDC, jusqu’alors très critique envers le projet de négociation du ministre Didier Burkhalter. Au mois de décembre, le fameux mandat de négociation a été approuvé par le gouvernement [17].

Dans un message de mai 2013, le Conseil fédéral a proposé au parlement un accord avec l’UE concernant la coopération en matière d’application des droits de la concurrence. Malgré l’opposition unanime de l’UDC, le parlement a suivi le gouvernement par 128 voix contre 44 et 5 abstentions. Les détails techniques de cet accord se trouvent dans la partie I, 4a (Allgemeine Wirtschaftspolitik) [18].