La Confédération a signé un accord de coopération technique et financière et d’aide humanitaire avec l’Egypte. Cet accord vise à améliorer la coopération entre les deux pays, notamment dans le cadre de la situation politique postrévolutionnaire en Egypte. Pour ce faire, la Suisse a prévu une enveloppe de 30 millions de francs jusqu’en 2016. Cet accord a cependant été refusé par le parlement égyptien. Les politiciens égyptiens ont accusé cet accord d‘être une ingérence dans les affaires intérieures et de faire courir à l’Egypte des risques d’espionnage en garantissant un accès trop important aux ONG. Les arguments des parlementaires égyptiens peuvent être mis en lien avec d’autres accusations d’ingérence qui avaient déjà été portées envers des ONG américaines et allemandes en 2012  Communiqué du DFAE du 21.1.13; NZZ, 26.4.13..

Au cours de l’année sous revue, les événements politiques égyptiens ont soulevé la question de la rétribution des fonds du dictateur Moubarak, fonds gelés en Suisse depuis 2011. La Suisse a annoncé qu’elle rétribuerait ces fonds, soit 700 millions de francs, lorsque l’indépendance de la justice serait garantie en Egypte [72].