Les Chambres fédérales ont poursuivi leurs travaux de réforme. La modification de la loi sur les rapports entre les conseils dans le sens d'une extension du contrôle parlementaire de l'administration, après avoir été adoptée par le Conseil national, a fait l'objet des délibérations du Conseil des Etats. Celui-ci s'est basé pour ses travaux à la fois sur le projet voté par la Chambre populaire et sur les recherches propres à sa commission de gestion qui avait commandé une expertise au professeur Eichenberger. Les propositions de la commission de gestion [13] mettaient l'accent sur la réglementation de la procédure de consultations préparlementaire qu'elle voulait moins anonyme, plus apparente et visible; dans la question des « hearings », elle admettait la nécessité de délier les fonctionnaires du secret, mais seulement « après avoir entendu » le Conseil fédéral à ce sujet; le mandat des commissions d'enquête spéciales devait être mieux précisé que ne le prévoyait le projet du Conseil national. En délibération plénière, toute réglementation de la procédure préparlementaire fut écartée, devant l'opposition du Conseil fédéral et sur l'initiative de M. Müller (rad., TG), par 23 voix contre 9; la procédure préparlementaire appartient à la compétence de l'exécutif. De même, en ce qui concerne les « hearings », le Conseil limita l'obligation absolue, «après avoir entendu » le Conseil fédéral, aux commissions de gestion, des finances et à la délégation de l'alcool; pour les autres commissions, le secret ne pourrait être levé qu'avec l'accord de l'exécutif. Celui-ci s'était battu pour sauvegarder ses compétences. Une solution de compromis intervint sur le problème de la production d'actes et de documents administratifs devant les commissions [14]. Devant le Conseil national, de nouveau, le projet fut définitivement amputé de la réglementation sur la procédure préparlementaire, par 78 voix contre 48, alors que le caractère obligatoire des « hearings » était maintenu par 128 voix contre 16, le Conseil fédéral s'y opposant toujours [15]. Le Conseil des Etats finit par se rallier sur ce point à l'avis de l'autre chambre, qui coïncidait avec celui de sa commission, le 21 juin, et la loi fut définitivement adoptée le ler juillet, après l'élimination de divergences de détail [16]. Les modifications ainsi adoptées créent la base d'un service de documentation parlementaire, autorisent l'audition de fonctionnaires en présence de représentants de l'exécutif, avec la condition d'entendre le Conseil fédéral avant de délier les fonctionnaires du secret; elles prévoient aussi, pour les cas graves, la constitution de commissions spéciales d'enquête dont le mandat doit être approuvé par les deux Chambres. Les compromis intervenus ont largement tenu compte de la nature du parlement helvétique, parlement de « milices », soucieux de ne pas devenir une institution composée de professionnels [17].

Parallèlement à ces efforts, une « petite réforme» des méthodes de travail du Conseil national a été conduite. Il s'est agi essentiellement de raccourcir les débats et de recourir le plus possible aux rapports écrits; la durée de la semaine de travail a été fixée à quatre jours. Des propositions visant à supprimer les doubles rapports, en allemand et en français, ont été écartées [18]. La création de secrétariats permanents pour les groupes parlementaires a été demandée, de même que l'indemnisation d'une séance de groupe quelques jours avant l'ouverture des sessions [19]. A la fin de l'année, un message du Conseil fédéral envisageait l'institution de secrétariats permanents pour les commissions de gestion [20].

Le Conseil national a tenté encore de règler le traitement à donner aux initiatives parlementaires individuelles dont il était saisi en vertu de l'article 93 Cst. Alors que les bureaux réunis des deux Chambres avaient préconisé un règlement provisoire, le Conseil des Etats s'était refusé en 1965 à adopter ces directives. Une motion Ackermann fut acceptée le 15 décembre 1965 par le Conseil national, qui chargea le Conseil fédéral de préparer un projet. Au. début de l'année, une expertise menée pour'le compte des auteurs des initiatives actuellement pendantes concluait à l'inutilité de modifier les règlements généraux en vigueur [21]. Cependant, le Conseil national, malgré la procédure de révision en cours, a jugé utile de se pourvoir de directives provisoires spéciales le 15 mars. Deux thèses sont en présence, celle de ceux qui voient en l'article 93 le fondement de la motion, et celle de ceux qui y voient un droit distinct prévu par le constituant [22].