L'autre réalisation d'importance primordiale a été le projet de réorganisation du Département militaire fondé sur une motion de la communauté de travail parlementaire chargée de l'affaire du « Mirage ». Cette motion demandait la réorganisation du DMF dans un délai de deux ans; elle prévoyait la nomination d'un chef de l'armement, la constitution d'un comité technique de l'armement, une séparation claire entre le développement et l'acquisition d'armes, des mesures propres au contrôle des délais et des frais, de l'engagement des crédits, etc. [7]. Le projet présenté, auquel une commission d'experts placée sous la présidence de O. Hongler, directeur de la centrale d'organisation, et comprenant des spécialistes de l'organisation industrielle, a collaboré pendant quatorze mois, répond aux exigences de la motion et les dépasse par son ampleur [8]. Le comité technique consultatif pour les questions d'armements a été créé au début de 1965 déjà. Le projet, dont le délai de présentation était fixé, n'a pu faire partie d'un ensemble intéressant la défense nationale totale; mais, selon ses auteurs, il ne présente rien qui puisse faire obstacle à l'organisation future. Il tient compte, dans une large mesure, de la structure du commandement en temps de guerre, et regroupe les différents services selon leurs täches. Le problème du commandement de l'armée en temps de paix a été posé par les experts, qui ont préconisé la création d'un poste d'inspecteur général, comme cela avait été fait en 1939, ou celle d'un collège comprenant deux commandants de corps et un milicien de grade élevé; le Conseil fédéral a écarté ces suggestions pour des raisons politiques, pour bien marquer la suprématie du pouvoir politique sur le militaire et pour éviter qu'on préjuge des candidatures à la fonction de général en temps de guerre. La formule choisie respecte les structures existantes et crée trois groupements principaux, celui de l'état-major général, celui de l'instruction et celui de l'armement. La plupart des services sont répartis entre ces trois groupements. La direction de l'administration militaire reçoit les autres. Le commandant dés troupes d'aviation et de DCA, qui doit s'occuper à la fois de commandement et d'administration, se voit attribuer des services nouveaux, un chef d'arme, un chef des aérodromes. La planification générale demeure attribuée au chef de l'état-major général. Le nombre des services subordonnés directement au chef du DMF passe ainsi de 11 à 5: les trois groupements, la direction de l'administration et la justice militaire. Pour assurer la cohérence du travail, le projet propose d'institutionnaliser le rapport hebdomadaire, déjà pratiqué, sous la forme d'un comité de coordination. Ce comité grouperait, sous la présidence du chef du DMF, les chefs des trois groupements et le directeur de l'administration; le commandant des troupes d'aviation et de DCA Hourra y être appelé. La täche principale de ce comité sera de traiter les objets qui ont des aspects militaires, techniques, industriels et financiers à la fois, ainsi que de préparer le travail de la commission de défense nationale. Il pourra décharger celle-ci, dont les compétences restent les mêmes, de certains travaux internes.

La nouveauté principale du projet réside dans la nomination du chef de l'armement, membre de la commission de défense nationale, qui doit être une personnalité apte à conduire une entreprise industrielle d'importance. En outre, on est frappé par la position, de plus en plus prépondérante, prise parle commandement de l'aviation et de la DCA. On a renoncé à créer un dualisme militaire-politique au sein du Département, où la formule intégrée demeure: le chef du DMF présidera le comité de coordination et la commission de défense nationale. L'accueil fait par la presse au projet a été plutôt tiède; on a souligné le peu d'innovations véritables [9]; on a relevé que, sur plusieurs points, le Conseil fédéral n'avait pas suivi les experts qui proposaient des solutions plus hardies. Le comité central de la Société suisse des officiers a critiqué certains points du projet, notamment la formule intégrée qui lie le chef du DMF à la commission de défense nationale, la renonciation à une direction collégiale et l'absence d'un organe de planification globale placé au-dessus des groupements prévus [10]. La commission militaire du Conseil national, siègeant le 16 novembre, est entrée en matière, mais a soulevé le problème de la direction collégiale et celui des compétences respectives du comité de coordination et de la commission de défense nationale [11]. Les questions posées, comme la perspective prochaine d'un rapport sur la défense nationale totale, semblaient en fin d'année devoir repousser la délibération parlementaire à plus tard [12].

Une révision de moindre importance a été opérée sur la loi de l'organisation des troupes de 1960. Il s'est agi d'assurer à l'infanterie de landw.vehr des effectifs suffisants, qu'on a prélevés sur les formations de landsturm; de même, la répartition des classes d'âge dans les formations d'ouvrage et de forteresse a été étendue au landsturm. Quelques unités de landsturm ont été supprimées [13]. A la fin de 1966, la période transitoire de l'organisation des troupes de 1960 s'est achevée, et les diverses classes de l'armée correspondent à la répartition prévue: élite de 20 à 32 ans, landwehr de 33 à 42 ans, landsturm de 43 à 50 ans, officiers jusqu'à 55 ans.