Dans le domaine de la meunerie, le Conseil fédéral a pratiqué une politique de maintien des structures, sans pourtant satisfaire les intéressés. Comme le contingentement de production des moulins à blé tendre tombait à fin juin 1966, une ordonnance renforça l'égalisation des marges de mouture — système de compensation alimenté par les grands moulins au profit des petits — de façon à freiner les concentrations [25]. Le Conseil fédéral ne se contenta pas de ces mesures, insuffisantes à maintenir l'existence d'une meunerie décentralisée, et proposa une révision de la loi sur le blé de 1959, tendant à augmenter les marges de mouture des moulins indispensables à l'économie de guerre, à contraindre les acquéreurs de farine à se fournir auprès de ces moulins et enfin à faire participer la Confédération aux coûts de maintien des moulins régionaux [26]. L'Association des meuniers ne se satisfit pas de ces compléments et s'inquiéta du projet de moulin industriel prévu par une société étrangère dans le nord du pays [27]. Par ailleurs, la nécessité pour l'économie de guerre de protéger à tel point cette branche de l'artisanat a été combattue, entre autres par la commission des cartels, dont l'avis ne fut pas reproduit intégralement — par erreur, a-t-on dit — dans les déclarations publiques du Conseil fédéral [28]. Dans la commission du Conseil des Etats où le projet fut examiné, la proposition fut faite d'introduire un système d'autorisations obligatoires et d'interrompre l'exploitation de certains moulins; la commission demanda un rapport complémentaire et le Conseil des Etats renvoya ses délibérations à 1967 [29].