La collaboration régionale entre cantons voisins ne s'est pas développée sans accrocs. Un texte mis au point par les gouvernements de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne concernant un article constitutionnel commun sur les relations entre les deux demi-cantons, a été soumis aux deux parlements [7]. On a tenté, en même temps, de parvenir à des accords concrets entre les cinq cantons du nord-ouest (AG, BE, BL, BS, SO), notamment sur la collaboration dans la région bâloise. Des progrès ont été enregistrés dans le domaine de la protection de l'environnement ; la question de la péréquation des charges pour l'utilisation des écoles et hôpitaux bâlois reste par contre en suspens [8]. Des divergences du même ordre sont nées entre. les gouvernements de la Suisse centrale quant à la répartition des frais de la future Université de Lucerne [9].

Dans divers cantons, l'idée de structurer le territoire en régions disposant de compétences propres a été développée. A Berne, à l'occasion des débats sur le statut du Jura, le gouvernement s'est fait donner par le Grand Conseil le mandat de présenter une base constitutionnelle pour une régionalisation du canton. A Lucerne, le parti radical a lancé une initiative similaire. Une analyse structurelle élaborée par l'Université de Saint-Gall propose la création, pour le canton, d'organes régionaux autonomes [10]. Des réunions au niveau de la région ont d'autre part aussi été suggérées par les communes. Une tentative des villes neuchâteloises de La Chaux-de-Fonds et du Locle d'englober dans leur région des territoires bérnois avoisinants a déclenché à Porrentruy, Delémont et Moutier un mouvement d'opposition inspiré par la crainte de voir le Jura bernois tomber dans la situation d'un simple réservoir de main-d'oeuvre pour des centres extérieurs [11]. On relèvera la formation d'une association régionale dans la vallée de Münster (GR) : elle prévoit des votations populaires dans le cadre de la région [12].