On a encore réclamé à plusieurs reprises une meilleure protection des eaux contre les pollutions dues aux phosphates et à d'autres produits. A part les interventions parlementaires y relatives ainsi que les directives de l'Office fédéral de la protection de l'environnement (OFPE) et les conventions internationales, en particulier celle qui concerne la protection du lac Léman [8], une modification de l'ordonnance sur les détergents, décidée par le Conseil fédéral, a montré la nécessité de s'attaquer aux causes de la pollution. Quand on avait mis en vigueur les prescriptions sur la teneur en phosphate en 1977, on avait renoncé à établir des valeurs limites au-delà desquelles il faudrait utiliser des matériaux de remplacement. Les succédanés moins nuisibles, qui ont été développés depuis, ont permis de diminuer de 30% la quantité de phosphate maximale autorisée dans les détergents. On a pris en considération dans l'ordonnance l'opposition exprimée par certains milieux industriels, lors de la procédure de consultation, en ce sens que l'abaissement n'aura pas lieu, comme prévu, après un an de phase transitoire déjà, mais devra être effectué graduellement jusqu'au début de 1983 [9].

L'industrie bâloise, pour sa part, a fait l'objet de nombreuses critiques. Le POCH a lancé un référendum contre la décision du Grand Conseil d'instaurer une gestion commune des stations d'épuration des eaux entre le canton et l'industrie chimique. A l'argument de ce parti selon lequel la chimie ne devrait plus se contrôler elle-même comme par le passé, la plupart des autres formations politiques ont opposé la collaboration entre l'Etat et l'industrie, collaboration qui s'était révélée fructueuse à l'occasion de la construction de ces stations. Elles ont donc mobilisé leurs sympathisants lors d'une campagne publicitaire massive, dirigée contre «la lutte des classes traînée dans la boue d'épuration par les marxistes». Malgré le soutien du PdT et la liberté de vote laissée par les socialistes, les adversaires de la collaboration en question ne sont pas parvenus à leurs fins [10].

Bien qu'une épuration efficace des eaux demeure toujours aussi urgente, ce secteur n'a pas été épargné par les mesures d'économie décidées dans le cadre de l'assainissement des finances fédérales. C'est ainsi que le parlement et le gouvernement ont estimé que, en raison des difficultés financières, on pouvait prolonger de 5 ans le délai, initialement de 10 ans, prévu par la loi sur la protection des eaux pour assainir les principaux égouts responsables de pollution, qui arrivera à échéance en 1982. La révision de cette loi amènera en outre d'autres économies, car elle permettra de renoncer aux stations d'épuration centrales dans les régions écartées au profit de systèmes moins coûteux. Finalement, les stations d'épuration des eaux, au même titre que les stations d'incinération des ordures, sont affectées par la diminution de 10% des subventions prévues par le programme d'économie 1980 [11].