Oppositionslos stimmte das Parlament einer Änderung des Schiffsregister-Gesetzes zu und passte damit das schweizerische Recht an das 1980 verabschiedete Zusatzprotokoll zur revidierten Rheinschiffahrtsakte an. Um die missbräuchliche Verwendung der Schweizer Flagge durch sogenannte Briefkastenfirmen sowie daraus resultierende Wettbewerbsverzerrungen bei der Schiffahrt auf dem Rhein zu verhindern, wird die Zulassung zum schweizerischen Schiffsregister in Zukunft von der Existenz eines wirtschaftlich und geschäftlich selbständigen Unternehmens in der Schweiz abhängig gemacht [36].

Der Güterumschlag in den Rheinhäfen beider Basel ging gegenüber dem Vorjahr um 7,6% zurück (1984: + 7,5%). Wegen der immer angespannteren wirtschaftlichen Lage in diesem Transportzweig entschlossen sich die Schweizerische Reederei und Neptun AG Basel (SRN) und die Reederei Zürich (RZ), ihre Aktivitäten ab März 1986 in einer Betriebsgemeinschaft unter Führung der SRN zusammenzufassen [37].

Das Vernehmlassungsverfahren zum 1973 von den eidgenössischen Räten verlangten Bundesgesetz über die Freihaltung der Wasserstrassen wurde abgeschlossen. Nachdem der Vorentwurf mit Rücksicht auf den Vorrang der Gesamtverkehrskonzeption zurückgestellt worden war, hatte die Landesregierung nun die seit Jahrzehnten diskutierte Frage eines allfälligen Ausbaus von Rhein und Aare mit einer Verbindung zum Genfersee für die Grossschiffahrt zur abschliessenden Prüfung und Entscheidung vorgelegt. Während die Befürworter — darunter die Westschweizer Kantone — nach wie vor dafür plädierten, dass die Vorkehrungen für einen künftigen Ausbau der Binnenschiffahrt getroffen und die notwendigen Optionen freigehalten werden, lehnten die Gegner ein solches sehr kostspieliges Projekt entschieden ab. Praktisch alle Anliegerkantone am Hochrhein und an der Aare, drei der vier Bundesratsparteien (CVP, FDP, SP) sowie die meisten interessierten Verbände — darunter neben den Umweltschutzorganisationen auch die direkt betroffene Schweizerische Schiffahrtsvereinigung (SSV) — verwarfen den Gesetzesentwurf: Der volkswirtschaftliche Nutzen stehe angesichts des dichten Verkehrsnetzes der Schweiz in keinem Verhältnis zur schwerwiegenden Beeinträchtigung von Natur, Landschaft und historischen Ortsbildern, welche die notwendigen Eingriffe in die Flussläufe mit sich brächten. Da sich auch der Bundesrat nicht für die Realisierung der Hochrhein-Aare-Schiffahrt einsetzt, scheinen die Binnenschiffahrtsträume mit einer Wasserstrasse von Basel bis ins Waadtland, dem sogenannten transhelvetischen Kanal, endgültig ausgeträumt [38].