Im Kanton Aargau wurden die Ersatzwahlen für den zurückgetretenen CVP-Regierungsrat Hans Jürg Huber, der 1987 in den Ständerat gewählt worden war, zur Zerreissprobe für die CVP. Nachdem die Delegiertenversammlung eine Zweierkandidatur knapp abgelehnt und Nationalrat Anton Keller nominiert hatte, widersetzten sich CVP-interne Opponenten diesem als "Amterverteilspiel " kritisierten Entscheid und warben mit organisierten persönlichen Briefen für die parteiintern unterlegenen Kandidaten Josef Rennhard und Peter Wertli. Während sich Wertli von dieser Aktion distanzierte, appellierte Rennhard an das demokratische Recht der freien Wahl und unternahm nichts, um die parteiintern hochgehenden Wogen zu glätten. Im ersten Wahlgang erreichte keiner der Anwärter das absolute Mehr. Obwohl der offizielle CVP-Kandidat die Unterstützung der bürgerlichen Schwesterparteien und die Billigung der SP genoss, wurde er von Rennhard überflügelt. Als er sich darauf zurückzog, beschloss die CVP, den Wählerinnen und Wählern einen Zweiervorschlag zu unterbreiten, und sie nominierte Rennhard und Wertli. Im zweiten Wahlgang wurde Wertli mit klarem Vorsprung gewählt. Ein parteiloser Alternativkandidat hatte keine Chance [14].

Da der Termin der Gesamterneuerungswahlen für die Exekutive vorverlegt worden war, fanden im Dezember erneut Regierungsratswahlen statt. Die bisherigen Regierungsräte stellten sich zur Wiederwahl und wurden – nachdem die SP darauf verzichtet hatte, den 1985 an die FDP verlorenen zweiten Sitz zurückzuerobern – auf einer gemeinsamen Liste der vier Regierungsparteien bestätigt [15].