Quatre avions de combat étaient en lice pour remplacer le Mirage IIIS: le Jas-39 Gripen, prototype suédois n'ayant pas encore officiellement effectué son premier vol, le Mirage 2000 français conçu chez Dassault et les deux chasseurs américains, le F-16 Fighting Falcon et le F/A-18 Hornet. Après les résultats de l'évaluation préliminaire, destinée à sélectionner les deux avions les plus performants, A. Koller avait, pour des raisons d'ordre militaire et financier, accordé sa préférence aux deux appareils américains. Le Conseil fédéral a cependant ajourné la ratification du choix du DMF et demandé de nouvelles études mettant en valeur des considérations de politique économique et étrangère afin de ménager les susceptibilités. En effet, la Suisse cherche à établir une meilleure collaboration avec la Communauté européenne avant l'échéance de 1992, une élimination d'office du Mirage pouvait créer un certain malaise. Quant au Gripen 39 suédois, le gouvernement ne pouvait pas, au nom des Etats neutres et de l'AELE, l'écarter immédiatement. Malgré des offres de coopération en matière de technologie avancée et une baisse notoire du prix d'achat, le Conseil fédéral a finalement écarté le Mirage 2000 et réservé le même sort au prototype suédois pour ne retenir que les deux appareils américains jugés plus aptes à remplir les conditions exigées du nouveau chasseur, tant sur le plan technologique que militaire.

Des deux chasseurs, le gouvernement a porté son choix sur le F/A-18 Hornet. En effet, il est ressorti de l'évaluation principale que ce modèle est le mieux approprié pour assurer la sauvegarde de la souveraineté de l'espace aérien de la Suisse. De surcroît, il nécessite moins d'adaptations pour satisfaire aux exigences helvétiques que le F-16. Si le F/A-18 coûte quelque 15% de plus que le F-16, ses performances sont, de l'avis des experts, d'un tiers supérieures à celles de son concurrent. Comme la demande de crédit ne doit pas excéder trois milliards de francs, seuls 34 exemplaires - au lieu des quarante initialement prévus - pourront être acquis, sous réserve de l'approbation du programme d'armement 1990. Les nouveaux missiles air-air et les coûts relatifs à l'aménagement des cavernes et des abris qui vont abriter le nouvel avion de combat ne sont pas pris en compte dans l'enveloppe budgétaire. Les firmes américaines construisant ce chasseur se sont engagées à compenser à 100% cette commande auprès des industries suisses. Le choix du Conseil fédéral n'a pas fait l'unanimité et a suscité diverses réactions. Si certains se sont félicités que des considérations militaires l'aient emporté sur des considérations politiques, d'autres, et principalement en Suisse romande, ont au contraire déploré qu'à l'heure de la construction européenne le Mirage 2000 n'ait pas été retenu dans la phase principale d'essai [16].