Le Conseil fédéral a proposé le rejet, sans lui opposer de contre-projet, de l'initiative populaire "Pour une assurance-maladie financièrement supportable" déposée en 1985 par le Concordat suisse des caisses-maladie. Pour justifier son renoncement à élaborer un contre-projet, le gouvernement a estimé inopportun de présenter un nouveau projet si rapidement après le rejet par le peuple de la révision de l'assurance-maladie et maternité en décembre 1987 . L'initiative entend lutter contre la hausse des coûts de la santé sans remettre toutefois en question le principe de l'assurance facultative. Elle demande que la Confédération et les cantons fixent des normes en matière de tarifs et que les cotisations des assurés à ressources modestes et des familles soient réduites. Ces exigences sont assorties d'une disposition transitoire qui contraint la Confédération à augmenter de manière substantielle ses subventions aux caisses dans l'année qui suit l'acceptation de l'initiative, puis de les adapter constamment à l'accroissement des coûts de l'assurance-maladie. En d'autres termes, cela pourrait signifier qu'en 1991 la Confédération serait tenue de verser 2,5 milliards de francs aux caisses-maladie au lieu des 984 millions dus selon le régime actuel [16].

C'est précisément cette disposition d'ordre financier qui a constitué la principale raison du rejet de l'initiative par le Conseil fédéral. Celui-ci a mis en évidence l'incompatibilité de cette exigence avec la situation des finances fédérales. A son avis, la mise à disposition de plus grands moyens financiers ne suffirait pas à résoudre les problèmes qui se posent à l'assurance-maladie et contribuerait même à perpétuer le système actuel de financement qui ne tient pas compte de la capacité économique de l'assuré. Qui plus est, a-t-il ajouté, l'initiative n'apporte pas de solution au problème crucial de l'explosion des coûts de la santé puisqu'elle s'attaque davantage au financement qu'à la cause des dépenses. Pour le gouvernement, c'est au niveau législatif que l'on doit résoudre les problèmes de l'assurance-maladie et non au niveau constitutionnel [17]. Le Conseil fédéral a également tenu à rappeler qu'il a chargé quatre experts d'élaborer séparément des propositions concrètes et réalisables en vue de trouver une solution aux problèmes de l'assurance-maladie [18].

A l'instar du Conseil fédéral, le Conseil des Etats a jugé insupportable pour les finances de la Confédération la disposition transitoire de l'initiative prévoyant une adaptation régulière des subventions fédérales et a estimé que le remède préconisé par les caisses-maladie était peu apte à enrayer l'inflation des coûts de la santé. La chambre haute a également fait valoir que l'initiative aboutirait à un monopole des caisses-maladie, mettant à l'écart l'assurance privée. Elle a donc décidé, à l'unanimité, de recommander son rejet. Mais, afin de sortir le dossier de l'assurance-maladie de l'impasse dans laquelle il se trouve, le Conseil des Etats a, contre l'avis du Conseil fédéral, souscrit au contre-projet indirect au niveau législatif élaboré par sa commission [19].