Présenté sous la forme d'une révision partielle de l'assurance-maladie, le contre-projet reprend de nombreuses dispositions du programme d'urgence, à l'exception du volet consacré à l'assurance maternité, refusé en votation populaire. La révision prévue oblige les caisses-maladie à accueillir toutes les demandes d'assurance, soutient des mesures de médecines préventives, instaure un contrôle économique des traitements, permet la constitution de nouveaux modèles d'assurance et augmente de 10 à 15% la participation des assurés aux frais. Par rapport à la révision soumise au souverain en 1987, le contre-projet prévoit une augmentation de 200 millions de francs des subventions fédérales aux caisses-maladie [20].

Une majorité du Conseil des Etats, composée de démocrates-chrétiens, de socialistes et de démocrates du centre, a soutenu le projet de sa commission en insistant sur la nécessité de lutter sans tarder contre l'explosion des coûts de la santé et la hausse des cotisations qui grèvent toujours plus lourdement le budget des plus défavorisés. Elle a aussi relevé que cette révision partielle n'était pas incompatible avec une refonte complète de la loi et a tenu à souligner qu'elle serait susceptible d'inciter les initiants à retirer leur initiative. Les détracteurs, radicaux et libéraux, ont dénoncé l'inopportunité de la démarche en rappelant que le peuple avait repoussé les solutions qui composent pour l'essentiel le contre-projet. Ils ont également souligné qu'il pouvait compromettre, ou tout au moins différer, les travaux du Conseil fédéral en la matière et qu'il était peu probable que l'initiative des caisses-maladie soit retirée [21].