Die Neuauflage der Abstimmung über die Kantonszugehörigkeit des Laufentals konnte am 12. November stattfinden. Diese Wiederholung des Plebiszits vom 11. September 1983 war notwendig geworden, nachdem das Bundesgericht Ende 1988 festgestellt hatte, dass die verdeckte finanzielle Unterstützung Berntreuer durch die Kantonsregierung unzulässig gewesen sei. Unmittelbar nach diesem Entscheid hatten sich Delegationen der Regierungen Berns und BaselLands sowie des Laufentaler Bezirksrates auf ein rasches Vorgehen geeinigt und beschlossen, diesmal nur objektiv zu informieren und weder direkt noch indirekt in die Propagandakampagne einzugreifen [4]. Obwohl sich die Behörden an diese Abmachung hielten, verlief die Kampagne wie beim ersten Plebiszit sehr animiert und teilweise auch gehässig. Es kam dabei auch zu Entgleisungen, so etwa, als einige Gewerbetreibende ihren Angestellten bei einem Ja zu BaselLand einen bezahlten Feiertag versprachen und andere Arbeitgeber in einem Brief zur Nachahmung aufforderten [5].

Das Resultat fiel bei dieser zweiten Abstimmung äusserst knapp aus: bei einer Beteiligung von 93,6% entschied sich der Bezirk Laufen mit 4652 zu 4343 Stimmen (51,7%:48,3%) für einen Kantonswechsel. Kommentatoren erklärten den Umschwung einerseits mit den Negativwirkungen der Aufdeckung der früheren Praktiken der Berner Regierung und andererseits mit der in den letzten Jahren verstärkten Zuwanderung von Einwohnern, welche in der Agglomeration Basel arbeiten [6].

Bereits am Tag nach dem Entscheid erhoben Gegner des Kantonswechsels beim bernischen Grossen Rat Beschwerde gegen die Abstimmung und verlangten deren Annulierung wegen unzulässiger Beeinflussungsversuche. Zudem verlangten sie angesichts des knappen Ausgangs eine Überprüfung der Stimmzettel und der Stimmrechtsausweise. Diese Nachkontrolle ergab keine bedeutenden Unregelmässigkeiten bei der Stimmabgabe. Die Berner Regierung beurteilte hingegen zwei der beanstandeten Beeinflussungsversuche, darunter die oben erwähnte Aktion von Gewerbetreibenden, als unzulässig. Da diese jedoch das Resultat nicht entscheidend beeinflusst hätten, empfahl sie dem Grossen Rat, die Abstimmungsbeschwerden abzulehnen [7].