Dans le cadre de la révision de la loi sur la protection des eaux faisant office de contre-projet indirect à l'initiative «Pour la sauvegarde de nos eaux», les Chambres se sont attaquées au problème des fabriques d'animaux et leurs conséquences sur l'environnement. Le Conseil national ainsi que sa commission, grâce à un accord radicalo-socialiste et stimulés par le bon score de l'initiative «en faveur des petits paysans», a adopté plusieurs mesures restrictives à leur égard. Il fut confirmé qu'une exploitation agricole doit disposer d'une surface utile permettant l'épandage par hectare de l'engrais de trois unités de gros bétail-fumure (UGBF) – une unité équivalant à une vache de 600 kilos – alors qu'actuellement cette règle est de quatre. De plus, les cantons auraient la possibilité d'abaisser cette limite en fonction des conditions géographiques et de la charge du sol en polluants. Deux autres mesures allant dans le même sens furent prises: l'établissement d'une durée d'entreposage de trois mois pour les fosses à purin et la décision que la moitié au moins de la quantité d'engrais devrait être répandue sur la surface propre de l'entreprise [20].

Ces mesures signifieraient la disparition des exploitations qui engraissent des animaux sans disposer d'un terrain suffisant pour épandre le lisier. Environ 13 000 entreprises (dont la majorité se trouve au centre et à l'est de la Suisse) seraient touchées et ce sont de un million de cochons et de 180 000 bovins dont se verrait réduit le cheptel helvétique. Alors que le Conseil national avait adopté relativement facilement ces modifications au projet du Conseil fédéral, le Conseil des Etats resta fermement sur ses positions; ces divergences sont donc maintenues [21].