Les deux Chambres ont définitivement accepté l'arrêté fédéral entraînant l'abandon de la construction de la centrale nucléaire de Kaiseraugst (AG) et dédommageant, à raison de 350 millions de francs, ses promoteurs. Néanmoins, les débats ont été controversés au Conseil national. En effet, cinq propositions de renvoi ou de non-entrée en matière furent déposées. La suspension des délibérations jusqu'au traitement, par les Chambres, de l'arrêté fédéral sur les économies d'énergie, le réengagement de pourparlers avec la société Kaiseraugst SA afin d'obtenir une solution financière plus favorable à la Confédération, une indemnité symbolique d'un franc et la demande d'un projet global d'abandon de Kaiseraugst, Graben et Verbois forment quelques-unes des raisons invoquées par les déposants. Ces textes ont tous été refusés, notamment en vertu du facteur temps — chaque retard dans le règlement de ce problème en accroissant les coûts — et de la volonté de solutionner ce dossier afin de débloquer la politique de l'énergie. L'éventualité d'un procès judiciaire et la nécessité d'une certaine solidarité entre les consommateurs desservis par les sociétés partenaires de Kaiseraugst et les autres citoyens suisses ont aussi participé à la détermination du Conseil fédéral dans la conclusion rapide de ce dossier. Parmi les partisans de l'accord figurent la plupart des partis bourgeois, à l'exception du PLS qui s'est abstenu en raison de l'arbitraire entachant la forme juridique choisie pour cette convention. Le parti socialiste, divisé entre le devenir des projets d'économies d'énergie et un prompt dénouement de cette problématique, se prononça finalement en sa faveur, tout comme une majorité d'indépendants [16].

De leur côté, les organisations anti-nucléaires firent savoir qu'elles ne feraient pas usage de la possibilité de référendum contre les compensations financières prévues [17]. En réponse à l'interpellation du conseiller national Keller (pdc, AG), demandant une indemnisation spécifique du canton d'Argovie, le gouvernement a précisé que seule la société promotrice Kaiseraugst SA serait dédommagée car c'est elle qui a assumé la responsabilité juridique du projet [18].