Près de 1600 oppositions ont été adressées à l'Office fédéral de l'énergie à l'encontre des autorisations octroyées à la CEDRA quant au creusement de galeries de sondage relatives à un dépôt de déchets faiblement et moyennement radioactifs au Bois de la Glaive (VD), à l'Oberbauenstock (UR) et au Piz Pian Grand (GR). Environ 1500 d'entre elles proviennent des Grisons et des régions tessinoises voisines, 47 d'Ollon (où se situe le Bois de la Glaive) et 11 d'Uri [28].

L'antagonisme toujours aussi tranché de la commune vaudoise d'Ollon à tous travaux de la CEDRA sur son sol a provoqué des réactions de la part des autorités cantonales des autres sites concernés [29]. Sachant que les prospections n'ont pas atteint le même niveau de développement sur les trois emplacements prévus, le gouvernement uranais s'est élevé contre la requête de la CEDRA concernant l'Oberbauenstock, car il estime nécessaire d'une part une évaluation de tous les lieux sur la base de travaux comparables et, d'autre part, le respect du principe de la simultanéité [30]. L'exécutif grison s'est également opposé aux projets de la CEDRA sur le site du Piz Pian Grand [31]. Les initiatives déposées par les opposants au projet de dépôt du Wellenberg (NW) – 4e site envisagé par la CEDRA afin de stocker les déchets faiblement et moyennement radioactifs à courte durée de vie – ont été déclarées incompatibles avec le droit fédéral et donc irrecevables par les autorités cantonales. Elles auraient permis à la Landsgemeinde d'être compétente dans l'attribution des. autorisations relatives à l'utilisation du sous-sol et auraient soumis l'exploitation des installations atomiques se trouvant dans des galeries ou cavernes à un devoir de concession [32].

Le dépôt intermédiaire de déchets hautement et moyennement radioactifs à longue durée de vie prévu à l'Institut Paul-Scherrer (commune de Würenlingen, AG) sera construit. Ainsi en ont décidé tant les citoyens qui ont accepté la construction d'un tel lieu de stockage lors d'une votation, que l'assemblée communale, qui a admis la convention réglant les dédommagements versés à la commune. La Confédération et les sociétés responsables des centrales nucléaires suisses, qui y entreposeront leurs résidus, se sont engagées à verser annuellement, pendant 25 ans, 815 000 francs à la commune de Würenlingen ainsi que 585 000 francs de paiements compensatoires aux communes avoisinantes [33].