La révision totale de la loi sur la protection des eaux proposée par le Conseil fédéral constitue le contre-projet indirect du gouvernement à l'initiative populaire déposée en 1984. Cette dernière demandait la protection intégrale des cours d'eau encore proches de l'état naturel ainsi que la garantie d'un débit minimal suffisant pour ceux utilisés à des fins de production d'électricité. Estimant ces sollicitations trop extrêmes, le Conseil fédéral les a rejetées, notamment en vertu de la sauvegarde de l'économie hydraulique. Néanmoins, il a été incité à légiférer et a introduit, dans la nouvelle norme fédérale, une obligation quant aux débits minimaux des torrents. Cherchant à réaliser un équilibre entre les intérêts de la nature et ceux de l'économie, ce programme améliore de surcroît la protection des biotopes [34].

Si le Conseil national a, comme le Conseil des Etats, refusé l'initiative et adopté le projet de loi, il a considérablement renforcé la réglementation – issue des débats de la chambre haute – en ce qui concerne les débits minimaux. Dans un premier temps, il a refusé d'entériner un alinéa qui aurait permis aux autorités cantonales de réduire ces débits en certaines circonstances, abondant ainsi dans le sens du Conseil fédéral pour qui ils constituent un minimum absolu. Dans un second temps, la chambre basse a accepté de verser des compensations financières aux cantons et communes abandonnant l'exploitation de l'énergie hydraulique afin de protéger l'environnement et le paysage. Cette sévérité accrue est allée dans le sens désiré notamment par le groupe écologiste, d'ailleurs favorable à l'initiative populaire – comme les indépendants, les évangélistes, les POCH et les socialistes. Les démocrates-chrétiens, les radicaux, les libéraux et les agrariens ont refusé le texte de l'initiative populaire. Cependant, l'ensemble du processus législatif n'est pas encore achevé puisque la phase d'élimination des divergences entre les deux Conseils est en cours [35].