En vertu de la LPN, la Confédération a la compétence de s'occuper de la protection des biotopes d'importance nationale. A cet effet, le DFI a mis en consultation, en avril, deux ordonnances sur la protection des zones alluviales et des marais d'altitude. Celles-ci devraient permettre de créer des inventaires fédéraux afin de recenser ces zones. Ces ordonnances, en inventoriant près de 500 hauts-marais et 165 zones alluviales (cela représente en tout une superficie de 11 500 hectares), pourront fournir aux cantons et aux organisations spécialisées une liste constituée de fiches signalétiques décrivant les caractéristiques des sites et donnant les objectifs de protection. Elles prescrivent, de plus, les activités agricoles et forestières appropriées à ces endroits. Les exploitants auront droit à un dédommagement s'ils doivent limiter leur utilisation du biotope ou s'ils doivent fournir une prestation pour le protéger. La Confédération devrait assurer le financement des mesures de protection dans une proportion d'environ 60%, le reste incombant aux cantons. Pour cela, elle déboursera 20 millions de francs jusqu'en 1995. Lors de la procédure de consultation, certains cantons ont demandé une participation plus importante de la Confédération, voire une prise en charge à 100% [54].

La Ligue suisse pour la protection de la nature et le WWF ont exigé une action immédiate en faveur de la protection des marais. Selon eux, malgré l'acceptation de l'initiative de Rothenthurm en 1987 qui stipulait que les marais doivent conserver ou retrouver leur aspect d'avant le ler juin 1983, 100 d'entre eux ont souffert d'interventions humaines ces dernières années (agriculture, tourisme, armée). Les ordonnances et inventaires n'étant pas encore en vigueur, les cantons ne prendraient aucune mesure de protection. En. conséquence, ces organisations ont demandé au Conseil fédirai un arrêté fédéral urgent permettant une action rapide et effective [55]. La motion Huber (pdc, AG) déposée au Conseil des Etats et la motion Bircher (ps, AG) au Conseil national ont exigé la même chose pour obliger les cantons et les communes à prendre leurs responsabilités [56].

Peu après, en décembre, le Conseil fédéral mettait en consultation un projet de révision de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN); si la protection de la nature relève des cantons et que la protection des marais figure déjà dans la loi, le DFI estime que la définition de site marécageux doit être appliquée uniformément sur l'ensemble du territoire. La Confédération devrait donc définir dans la loi les sites à protéger et en dresser l'inventaire qui en compterait 50 à 70. Elle financera en partie les mesures de protection et d'entretien. F. Cotti a précisé que si ces biotopes devaient continuer à être détruits ou endommagés, il sera nécessaire de recourir à un arrêté fédéral urgent [57].